Was ist Pseudopalindrom?

Ich bin über dieses Wort auf einer Webseite von bio.libretexts.org gestolpert :

Die dam-Methylase von E. coli erkennt das Tetranukleotid GATC in DNA und überträgt eine Methylgruppe (von S‑Adenosylmethionin) auf die Aminogruppe an Position 6 des Adenins in dieser Sequenz. Beachten Sie, dass GATC ein Pseudopalindrom ist, sodass beide Stränge für diese vier Nukleotide in der DNA gleich gelesen werden.

Was bedeutet das? Wie unterscheidet es sich von der palindromischen Sequenz?

Ich habe google, ncbi und google.books durchsucht, konnte aber nichts finden.

Bitte formulieren Sie den Titel Ihrer Anfrage so um, dass er sich tatsächlich wie eine Frage liest und anfühlt.
"Echte" Palindrome lesen sich von 5' bis 3' genauso wie 3' bis 5' auf demselben Strang. Pseudopalindrome lesen sich genauso wie ihre umgekehrten Komplemente.
@Galen Was ist umgekehrte Ergänzung?
@SanjuktaGhosh 1. Umgekehrte Reihenfolge der Zeichen (GATC -> CTAG); 2. Komplementstrang finden (CTAG -> GATC). Beachten Sie, dass sich die Schritte für diese bestimmte (Pseudopalindrom-) Sequenz gegenseitig umkehren.
Probieren Sie diese App aus, um ein Gefühl dafür zu bekommen, was bei der Rückwärtskomplementierung passiert: bugaco.com/calculators/dna_reverse_complement.php
Wenn Sie Shell oder ein Shell-ähnliches Terminal haben, versuchen Sie, herumzuspielen mit: (tr ACGT TGCA | rev) <<< 'input_seq'
Ich glaube, dass hier ein Hauptproblem darin besteht, dass der zitierte Text den Begriff „Pseudopalindrom“ nicht im biologischen Fachjargon verwendet. Leider verwendet die Molekularbiologie „Palindrom“ nicht im normalen Sinn, sondern in einem Sinn, der dem normalen Sinn direkt widerspricht. Ein aus GA gebildetes normales Palindrom wäre GAAG, aber ein aus GA gebildetes Bio-Palindrom wäre GATC.

Antworten (1)

In der DNA gibt es vier Nukleotide oder "Basen", von denen jede mit einer komplementären Base auf der Partnerkette in der Doppelhelix abgeglichen werden kann. Daher:

Adenin (A) und Thymin (T) sind komplementär und Cytosin (C) und Guanin (G) sind komplementär.

Eine Nukleotidsequenz wird also als Palindrom bezeichnet, wenn sie eine gerade Anzahl von Basenpaaren hat und gleich der Umkehrung ihrer komplementären Sequenz ist.

Beispielsweise ist in einem einzelnen DNA-Strang die Basensequenz CCATTAATGG palindromisch, weil die Basensequenz im komplementären Strang GGTAATTACC ist, seine Umkehrung.

Ein Pseudopalindrom ist eine DNA-Sequenz mit einer ungeraden Anzahl von Basenpaaren, die mit Ausnahme des zentralen Basenpaars ein symmetrisches Komplement ergibt. Beispielsweise ist die DNA-Sequenz ACCTGGT pseudopalindromisch, da ihr Komplement auf dem anderen Strang TGGACCA ist, das mit Ausnahme des zentralen Elements ihre Umkehrung ist.

[In der Literatur kann es zu Verwirrung kommen. Das in der Frage zitierte Beispiel, GATC, ist ein Palindrom mit CTAG als Komplement, kein Pseudopalindrom.]

Einige der Papiere, die ich gefunden habe, sind auch in Ihrer Richtung abgebildet. Könntest du mir einen Link geben, den ich mir ansehen kann?
Was ist Pseudopalindrom?
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