Ich habe kürzlich ein Papier mit dem Titel "An automated labeling system for subdividing the human cerebral cortex on MRI scans into gyral based regions".Ich möchte die Methode dieses Papiers verwenden, um es auf meinen Datensatz anzuwenden, um anatomische Masken zu erhalten, gelesen. Ich habe fsl bereits auf meinem Linux-System installiert. Aber ich kann dieses Papier immer noch nicht ganz verstehen. Insbesondere möchte ich Temporal Occipital Fusiform gyrus (TOFC)und die lateral occipital Cortex (LOC)Region of Interest erhalten. Wer kann mir helfen?
Ich bin ein TMS-, aber kein fMRI-Forscher, aber ich habe Erfahrung mit anatomischen Masken. Ich kann Sie durch die Schritte führen, um eine anatomische Maske herzustellen, aber leider habe ich keinen Code, den ich Ihnen anbieten könnte.
Zunächst benötigen Sie einen Satz von x-, y- und z-Koordinaten, die angeben, wo sich TOFC oder LOC befinden. Eine Möglichkeit, diese zu finden, besteht darin, ein Papier zu finden, das die x-, y-, z-Werte angibt, die einem Voxel entsprechen, das die Koordinaten der Peak-BOLD-Signaländerung innerhalb des LOC oder TOFC enthält. Alternativ können Sie einige anatomische Studien finden, die Ihnen diese Koordinaten liefern. Ich kann Ihnen weder das eine noch das andere empfehlen; Dies ist eine Entscheidung, die Sie auf der Grundlage der von Ihnen durchgeführten Analysen treffen müssen.
Sobald Sie einige LOC- oder TOFC-Koordinaten gefunden haben, mit denen Sie zufrieden sind, können Sie mit FSLView eine darauf basierende Maske erstellen (geben Sie fslview in das Linux-Terminal ein, um sie zu öffnen).
Öffnen Sie zunächst FSLView und öffnen Sie eines der standardisierten Gehirnbilder. Sie können Ihre TOFC- oder LOC-Koordinaten (im MNI- oder Talairach-Raum - ich würde MNI empfehlen) in FSL eingeben, indem Sie die x-, y- und z-Felder in der unteren linken Ecke verwenden. Dadurch wird ein Fadenkreuz über das Spitzenvoxel bewegt. Klicken Sie dann auf Datei - Maske erstellen. Dadurch können Sie die Symbolleiste verwenden. Auf dieser Symbolleiste sehen Sie ein Symbol in Form eines Bleistifts. Verwenden Sie es, um das Voxel zu markieren, auf das das Fadenkreuz zeigt, und stellen Sie sicher, dass es den Voxeln entspricht, die Sie zuvor eingegeben haben. Tun Sie dies für beide Seiten separat
Sie können dies dann speichern, Sie haben ein Bild mit einer anatomischen Maske, die angibt, wo sich LOC und TOFC befinden. Wenn dies unklar ist, versuchen Sie es mit diesem Blog – ein fMRI-Forscher in meinem Labor fand es sehr nützlich.
http://andysbrainblog.blogspot.co.uk/2012/11/creating-masks-in-fsl.html
Viel Glück!