Wie bestimmt man die Nukleotidsequenz eines Gens?

Ich bin auf einige Gene gestoßen, die in verschiedenen Datenbanken unterschiedliche Nukleotidsequenzen aufweisen. Ich fand dann heraus, dass die Sequenzen tatsächlich umgekehrt komplementär zueinander sind. Wie bestimme ich, welche die tatsächliche Nukleotidsequenz eines Gens ist und nicht die Reverse-Complement-Version davon?

Normalerweise ist die gemeldete Sequenz für eine mRNA in NCBI der Sense-Strang. Können Sie ein Beispiel für ein Gen geben, dessen Sequenz Sie nicht genau kennen?
Hi @WYSIWYG unten sind die Nukleotidsequenzen des rplC-Gens. The first one is from NCBI, while the second I received from a sequencing company for my strain: >ATCC 19977 R rplC ncbi CTACTTCTCACCTCGCTTGACAGCGGTGCGGACCACAACCAAGCCACCCTTACGTCCGGGGATGGCACCC TTGATCAGCAGTACGCCGTTCTCGGCATCGACCTTGTGCACCACCAGGTTCTGAGTGGTGACGCGATCGC TACCCATACGTCCGGACATCCGGGTGC >M61 S ATGGCAAGAAAAGGAATTCTGGGCACCAAGCTGGGTATGACGCAGGTGTTCGACGACAAC AACCGGGTTGTCCCGGTAACCGTCGTCAAGGCCGGCCCCAATGTGGTGACCCGCATCCGG ACCACCGAGCAGGACGGCTACAGCGCCGTGCAGCTCGCGTATGGCGAGATCAGCCCCCGC AAGGTGACCAAGCCGGTCACCGGTCAGTTCGCCGCCGCGGGC
Für mich ist es sehr wichtig, die genaue Sequenz zu kennen, da ich nach einer Nukleotidveränderung an einer bestimmten Stelle suche

Antworten (2)

Sie führen eine Explosion Ihrer Sequenz durch. Untersuchen Sie dann die Ergebnisse und Sie werden irgendwo sehen, wo "Strang" steht und ein Hinweis darauf ist, ob Plus/Minus ist.

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Blast hat auch eine grafische Oberfläche, in der Sie die übereinstimmenden und nicht übereinstimmenden Basen deutlich sehen können. Daher sollte es Ihnen helfen, die Unterschiede zwischen den beiden Sequenzen zu identifizieren.

Wenn Sie eine Transkriptsequenz nachschlagen, ist sie im Allgemeinen in der richtigen Ausrichtung. Wenn Sie ein Gen basierend auf genomischen Koordinaten nachschlagen, ist dies möglicherweise nicht der Fall.

Wir können Ihnen nicht sagen, warum Ihre erste Sequenz in der falschen Ausrichtung von dem ist, was Sie eingefügt haben.

Wie bestimmt man die Nukleotidsequenz eines Gens?
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