Da sich Adenin mit Thymin und Guanin mit Cytosin paaren, scheint dies zu implizieren, dass es einen trivialen regulären Ausdruck für DNA gibt (dh es ist trivialerweise eine reguläre Sprache, die Typ 3 in der Chomsky-Hierarchie ist ) . Gibt es vor diesem Hintergrund einen "weniger trivialen" regulären Ausdruck für DNA? Oder, noch besser, gibt es eine "tiefere" grammatikalische Struktur für DNA, wie etwa eine kontextfreie Grammatik?
In Wahrheit passt DNA überhaupt nicht in die Chomsky-Hierarchie. DNA ist keine Sprache, sie ist ein komplexes Molekül in einer komplexen chemischen Umgebung. Die Tatsache, dass wir in vielen Situationen die Struktur der DNA als eine Kette von vier Symbolen sinnvoll abstrahieren können, sollte die zugrunde liegende Komplexität nicht verdecken. Es gibt einen einfachen Code, der die durch Tripel von Nukleotiden codierten Aminosäuren beschreibt , und einige Elemente einer „Grammatik“ in der Struktur von Genen, wenn Sie die Augen zusammenkneifen (Startcodons, Stoppcodons, Introns und Exons) . Aber ein Großteil der Funktion der DNA ist stochastisch und wird von der Biophysik der Bindung von RNA und Proteinmolekülen an DNA angetrieben.
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