Auf welchem ​​Strang sitzt der Promotor?

Mein Buch gibt immer wieder unterschiedliche Hinweise darauf, ob die Promotoren auf dem Coding- oder Template-Strang liegen.

  • Es besagt, dass die -35-Region in Prokaryoten auf dem codierenden Strang liegen muss. Es wird auch erwähnt, dass die -10- und -35-Regionen Bindungsstellen für RNA-Polymerase sind.

  • Es besagt auch, dass CAAT und GC im Gegensatz zu -35 in Prokaryoten auch auf dem Matrizenstrang sein können. Was impliziert, dass sie immer noch am häufigsten auf dem Kodierstrang vorkommen. Und dann zeigt es mir eine Abbildung, wo eine Promotorsequenz im Matrizenstrang gezeigt wird, mit dem Transkriptionskomplex, der daran angehängt ist.

Alle Sequenzen sind (zum Beispiel) 5'-TATAAA-3' geschrieben. Dies impliziert auch, dass sie sich auf dem codierenden Strang befinden, da der Matrizenstrang dann 3'-> 5' ist, was die Richtung ist, in der die Transkription stattfindet.

Offensichtlich bin ich verwirrt und hoffe, dass jemand dies klären kann. In welchem ​​Strang finde ich die Promotoren? Wirkt Zeug auf die Promotorsequenz selbst oder auf ihre komplementäre Sequenz? Wenn der Promotor auch auf dem anderen Strang sein kann, sollte er umgekehrt werden?

Die Promotoren befinden sich normalerweise auf dem kodierenden Strang (der transkribiert wird) vor der Transkriptionsstartstelle.
@Chris Ich denke nicht, dass es richtig ist zu sagen, dass der codierende Strang transkribiert wird - der codierende Strang der DNA hat dieselbe Sequenz wie die durch Transkription erzeugte RNA (außer T> U). Der andere Strang der DNA ist die Matrize für die Synthese der RNA.
Sie haben Recht. Ich bin immer noch hin und wieder verwirrt darüber. Danke für die Korrektur.
Mir fällt auf, dass es eine Verwendung von "oder" gibt, die verwirren kann. Oben „sind auf dem codierenden oder Matrizenstrang“ könnte genauso gut geschrieben werden „sind auf dem codierenden Strang, ungewöhnlich auch als Matrizenstrang bekannt“. Der Autor möchte jedoch eindeutig wissen, auf welcher Seite die Promoter physisch stehen.
Bezugnehmend auf "...kann auch auf dem Matrizenstrang sein. Was impliziert, dass sie immer noch am häufigsten auf dem kodierenden Strang sind. Und dann zeigt es mir eine Abbildung, wo eine Promotorsequenz im Matrizenstrang gezeigt wird..." Dort liegt keine Kontraktion; warum sagst du "und dann" (klingt für mich deutsch:-). Das heißt, auf der einen Seite darf Promoter liegen, für die eine Seite gibt es Grafiken. Das scheint kohärent zu sein, von der Seite des Lehrbuchs.
Wie auch immer, können Sie einen Link anbieten oder sagen, welches Lehrbuch Sie gelesen haben? Irgendwelche anderen? Ich war überrascht, als ich herausfand, dass der Promoter im Template/Antisense-Strang "sitzt", siehe unten, wie ich zuvor gelernt habe, das heißt, auf dem Codierungsstrang sitzen kann. Dank Ihrer Frage kann ich jetzt davon ausgehen, dass es so ist anders für Prokaryoten. Kennen Sie ein Problem mit parallelen Regeln/Ausnahmen bei Eukaryoten?

Antworten (2)

Die Antwort auf diese Frage hängt von der Definition des Wortes „Promotor“ ab.

Im einfachsten möglichen Modell der prokaryotischen Transkription ist der Promotor die Stelle, an der die RNA-Polymerase an die DNA bindet, bevor die RNA-Synthese initiiert wird. In diesem Prozess erkennt der σ-Faktor die Kernpromotorelemente, die die Polymerase anweisen, an die DNA zu binden, um den geschlossenen Komplex zu bilden. Der nächste Schritt ist der Wechsel zum offenen Komplex, bei dem die DNA-Stränge getrennt werden.

Artikel, die die Untersuchung der Wechselwirkung des σ-Faktors mit der DNA beschreiben (z. B. hier ), beziehen sich auf das Protein, das Kontakte mit Basenpaaren herstellt. Ich komme daher zu dem Schluss, dass die ursprüngliche Frage keinen Sinn ergibt - ein Promotor ist eine dsDNA-Einheit, auch wenn wir ihn anhand der Sequenz auf dem einen oder anderen dieser Stränge beschreiben könnten. So wäre zum Beispiel in einem Promotor die Consensus-35-Sequenz – 5'-TTGACA – auf dem codierenden Strang (stromaufwärts der codierenden Sequenz) vorhanden, aber die Promotoreneigenschaft der Sequenz beruht auf dem Vorhandensein dieser Sequenz und sein Komplement auf dem anderen Strang.

1. „Der nächste Schritt ist der Wechsel zum offenen Komplex“ – schwer vorstellbar, dass die Polymerase die bereits geöffneten Stränge nicht zum Binden braucht. 2. Aus der Zusammenfassung des Links, den Sie gegeben haben, scheint Sigma für Arten spezifisch zu sein. Ein Sigma für jede Art. Ist es relevant für die Frage? 3. "... die Promotoreigenschaft der Sequenz beruht auf ... und ihrem Komplement auf dem anderen Strang." Mit "Eigenschaft" meinen Sie, dass - da beide Stränge zusammengeblieben sind - der Promotor genauso gut durch den Sense-Strang definiert werden könnte, der als kodierender Strang bezeichnet wird, darf ich sagen "denominierender Strang"?
Auch hier liegt oder handelt der Promotor laut Ihrer Antwort zumindest bei Eukaryoten physisch niemals im Codierungs- / Sinnesstrang, oder? (Das ist so wichtig...)

Promoter sitzt nirgendwo.. er ist einfach da .. der Transkriptionsfaktor sitzt drauf :P

Witze beiseite. Fügen Sie Alan Boyds Antwort ein wenig mehr Informationen hinzu:

Wie Alan Boyd betont, beziehen sich die Begriffe Codierung oder Vorlage auf die Region, die transkribiert wird. Normalerweise haben die Transkriptionsfaktoren (TF), die an DNA binden, eine dsDNA-Bindungsdomäne und binden daher an beide Stränge. Die Sequenzerkennungsdomänen sind jedoch spezifisch und scannen normalerweise die DNA und rekrutieren5'-> 3' anschließend RNA-Polymerase in derselben Orientierung. Aber es gibt noch weitere Aspekte:

  • Promoter/regulatorische Elemente sind in der Regel dem TSS vorgelagert, in einigen Fällen aber auch nachgelagert
  • Die Aktivität eines Promotorelements hängt von dem TF ab, der daran bindet. Einige TFs können den gesamten genomischen Locus kontrollieren, dh sie beeinflussen mehrere Gene – sowohl stromaufwärts als auch stromabwärts.
Auf welchem ​​Strang sitzt der Promotor?
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