Auf welchem ​​DNA-Strang ist TATA-Box vorhanden?

TATA-Box ist ein Merkmal von Organismen, die dsDNA als genetisches Material haben. Wie die meisten dsDNA-Promotorelemente ist die TATA-Box im Grunde ein Abschnitt der dsDNA.

Eine Frage wie "Auf welchem ​​DNA-Strang ist TATA-Box vorhanden?" hängt davon ab, wie Sie TATA-Box definieren.

Wenn Sie sich an diese Definition halten :

In der Molekularbiologie ist die TATA-Box (auch Goldberg-Hogness-Box genannt) ^[2] eine DNA-Sequenz (cis-regulatorisches Element), die in der Promotorregion von Genen in Archaeen und Eukaryoten gefunden wird

dann ist TATA-Box lediglich eine DNA-Sequenz und lediglich eine Darstellung einer ssDNA-Region. Die TATA-Box ist jedoch auch die Bindungsstelle für TBP (TATA-binding protein; Teil des TFIID-Komplexes). Während die Erkennung von DNA-Elementen durch die TFs durch die Wechselwirkung von Aminosäureresten mit DNA-Basen und -Rückgrat auf einem oder beiden Strängen bewirkt wird , hat die TF-Bindung und ihre Aktivität eine Stereochemie.

Ebenso interagiert TBP auch mit Basen sowie dem Zucker-Phosphat-Rückgrat auf beiden Strängen ( Juo et al., 1996 ; PDB:1TGH ).

_{Abbildung 2 . Stereopaarzeichnungen des menschlichen TBP/DNA-Komplexes, mit TBP rechts und dem scharf gebogenen CGTATATATACG-Duplex links. (a) Molskriptische Skelettzeichnung (Kraulis, 1991). TBP-Reste, die mit dem Boden der kleinen Furche interagieren, sind in Rot mit Ein-Buchstaben-Aminosäurecodes gezeigt, und Reste, die mit dem Zucker/Phosphat-Rückgrat interagieren, sind in Grün gezeigt. Der codierende DNA-Strang ist dunkelblau und der nicht codierende Strang ist hellblau. Die beiden gelbgrünen Basenpaare unten sind der T1-A2-Schritt, der durch interstitielle Phenylalaninreste geknickt ist, während der äquivalente geknickte Schritt bei T7-A8 orange markiert ist. (b) Sekundärstrukturdiagramm mit a-Helices als Spulen und b-Faltblattsträngen als flache Bandpfeile, die entlang der N-zu-C-Kettenrichtung zeigen. Farbcodierung wie in (a).}

In Anbetracht dessen kann man sagen, dass TATA-Box im Wesentlichen eine dsDNA-Region ist.

Eine weitere Wendung in der Geschichte ist jedoch, dass TBP auch Gene mit TATA-losen Promotoren aktivieren kann ( Kamenova et al., 2014 ) und dies möglicherweise durch andere Proteinpartner von TBP im TFIID-Komplex erleichtert wird.

Unsere Ergebnisse stimmen mit dem Modell überein, dass sequenzspezifische TBP-DNA-Kontakte bei Hefe-TATA-losen Genen nicht wichtig sind, und legen nahe, dass andere allgemeine Transkriptionsfaktoren oder Coaktivator-Untereinheiten für die Erkennung von TATA-losen Promotoren verantwortlich sind. Unsere Ergebnisse erklären auch, warum Hefe-TBP-Derivate, die für die TATA-Bindung defekt sind, bei der aktivierten Transkription defekt zu sein scheinen.

Dies widerspricht immer noch nicht der Tatsache, dass TATA-Promotoren TBP benötigen und die Bindung an beiden Strängen erfolgt.

Meine Schlussfolgerung ist also, dass TATA-Box ein dsDNA-Element ist, aber eine Polarität in seiner Wirkungsweise hat.

Es ist wahrscheinlich zu spät, aber das habe ich in einem Buch gefunden:

„Außerdem werden die Elemente der regulatorischen DNA-Sequenz (TATA-Box usw.) per Konvention in der Richtung von 5′ nach 3′ und als auf dem codierenden Strang liegend beschrieben.“

Referenz: Harper's Illustrated Biochemistry, 26. Ausgabe, Kapitel 37 RNA SYNTHESIS, PROCESSING, & MODIFICATION, Seite 345, Abbildung 37–5.