Ich suche nach der umfassendsten Quelle für Chromatin-Wechselwirkungen zur Unterstützung von Enhancer-Zielen (Daten wie Hi-C, ChIA-PET, IM-PET, 5C, 4C, 3C usw.) und meine Frage könnte entsprechend aufgeteilt werden in zwei folgende Teile:
Auf Seite http://epigenie.com/epigenetic-tools-and-databases/ habe ich Links zu zwei Datenbanken gefunden, aber der Verweis auf 4D Genome funktioniert nicht. Weiß jemand, ob diese Datenbank http://4dgenome.int-med.uiowa.edu an einen anderen Ort verschoben wurde oder vielleicht nur intern für die U Iowa-Community verfügbar ist? (Ich frage nach wahrscheinlich exklusivem Zugriff, weil auf Tans Laborseite http://www.healthcare.uiowa.edu/labs/tan/software.html nur das 4DGenome den abschließenden Teil des Links int-med.uiowa hat. edu (vermutlich dieser int-med- Strang für Innere/Allgemeinmedizin oder vielleicht im Sinne eines internen/Intranet-Zugangs), wohingegen alle anderen Dienste wie IM-PET ihre Verknüpfung beginnend mit habenhttp://www.healthcare.uiowa.edu/labs/tan/ .
Vielleicht kennen Sie eine noch bessere Datenbank für Chromatin-Wechselwirkungen, die möglichst viele Zelllinien/Gewebetypen für die GRCh38-Assemblierung abdeckt, oder andere, deren Koordinaten leicht konvertiert werden könnten, z. B. durch liftOver ? Ich benötige nur Daten für Mensch und Maus, wäre aber auch für rein menschliche Daten dankbar.
Danke im Voraus für deine Antwort.
Dieses Problem wurde endlich mit Hilfe von Prof. Kai Tan. Es kam vor, dass sein Labor von der University of Iowa zum Children's Hopspital of Philadelphia verlegt wurde, ebenso wie dieser Dienst. Jetzt lautet der funktionierende Link: http://4dgenome.research.chop.edu
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