Unterschied zwischen Modulen im KEGG-Modul

M00115 ist ein Pathogenmodul (NAD-Biosynthese), während M00542 ein Signaturmodul (EHEC/EPEC-Pathogenitätssignatur) ist.

Von der KEGG-Seite zu Modulen :

• Pathway-Module – repräsentieren enge funktionelle Einheiten in KEGG-Stoffwechselwegkarten, wie M00002 (Glykolyse, Kernmodul mit Drei-Kohlenstoff-Verbindungen)

• Signaturmodule – als Marker von Phänotypen, wie M00363 (EHEC-Pathogenitätssignatur, Shiga-Toxin)

Modul bedeutet, wie auf der KEGG-Modulseite definiert , eine funktionelle Einheit. Es kann also alles sein, von Enzymgruppen über Gene bis hin zu Metaboliten. Zu den beiden, die Sie betreffen:

• Pathway-Module repräsentieren Gruppen von funktionell verwandten Enzymen, die Teil des metabolischen Netzwerks sind. Ich denke, das ist leicht verständlich, weil es das klassische Verständnis von "Modul" darstellt. Die Module umfassen Metaboliten (Verbindungen mit ID beginnend mit „C“), Enzyme (dargestellt durch KEGG-Ortholog-IDs beginnend mit „K“) und Reaktionen (dargestellt durch IDs beginnend mit „R“). Die Reaktionen integrieren Verbindungen und Enzyme in einem bestimmten Schritt in der Reaktionskette, die in diesem Modul enthalten ist.

• Signaturmodule stellen Moleküle dar, die mit einem bestimmten Phänotyp assoziiert sind. Insbesondere das auf der KEGG-Seite aufgeführte Beispiel weist auf die EHEC-Pathogenitätssignatur Shiga-Toxin hin. Die beiden Moleküle im Modul M00363 sind dem Phänotyp zugeordnet, der in diesem Fall die EHEC-Pathogenität ist . Aber im Prinzip müssen sie nicht unbedingt miteinander verwandt sein (in diesem Fall sind sie es, aber nicht in der gleichen Bedeutung wie das metabolische Modul).

In Ihren speziellen Beispielen ist M00115 wieder ein Wegmodul, das Enzyme, Verbindungen und Reaktionen enthält, die alle auf integrierte Weise verbunden sind. Modul M00542 hingegen zeigt den Proteinanteil des T3SS (Typ-Drei-Sekretionssystem), der von gramnegativen Bakterien zur Infektion genutzt wird. Dies sind keine enzymatischen Reaktionen, sondern nur Proteine, die mit dem EHEC/EPEC-Pathogenitätsphänotyp assoziiert sind. Sie sind jedoch insofern verwandt, als sie einen Proteininteraktionskomplex bilden, der die Infektion vermittelt.

Andere Modulkategorien umfassen:

• Strukturkomplexe im Zusammenhang mit molekularen Maschinen.
• Funktionale Sets scheinen eine andere Kategorie zu sein.

Man könnte argumentieren, dass das T3SS eine molekulare Maschine ist und in die Kategorie der Strukturkomplexe eingeordnet werden sollte . In der Tat ist etwas Wichtiges zu beachten, wie auf der Seite des KEGG-Moduls angegeben:

KEGG MODULE ist eine Sammlung manuell definierter Funktionseinheiten [...]

Wie bei allem, was manuell definiert wird, gibt es ein gewisses Maß an Willkür. Nutzen Sie die Informationen in den KEGG-Modulen soweit es Ihren Bedürfnissen dient, aber besser nicht als in Stein gemeißelt.