Bioinformatik / Genomik [geschlossen]

Ich suche nach wahrscheinlichen Trunkierungsstellen, um die Rekombination in Sequenzen zu beweisen. Ich habe 4 Sequenzen. Ich glaube, dass eine die "echte Sequenz" ist und die anderen 3 Rekombinanten sind, die durch Spaltung verursacht werden, möglicherweise aufgrund von Arg c-Proteinase. Ich weiß, dass sich meine Sequenzen aufgrund mehrerer Ausrichtungen überlappen, die ich mit UniProt durchgeführt habe, und ich habe das Enzym aufgrund der Durchführung von Schnitten auf dem Expasy-Cutter ausgewählt. Wenn jemand mich in die richtige Richtung weisen könnte, wäre dies sehr zu schätzen. Vielen Dank im Voraus

-1 Frage derzeit nicht lesbar und nicht klar, womit Sie zu kämpfen haben. Bearbeiten Sie die Frage, um sie lesbarer zu machen und die Frage selbst klarer zu machen.
Danke, ich habe die Frage umformuliert, ich bin neu auf dieser Seite. Ich suche nach Abschneidestellen in Sequenzen. Wenn Sie Informationen zu nützlicher Literatur haben, wäre ich sehr dankbar. Vielen Dank
Kannst du das bitte zu einem redable Post machen? Das Posten einer Tonne Sequenzen scheint mir zumindest nicht hilfreich zu sein, es sei denn, Sie formulieren Ihre Frage neu. Dies sind Proteinsequenzen, daher werden Sie keine Stoppcodons finden.
Ich habe angegeben, dass ich nicht nach Stop-Codons suche, aber Trunkierungsstellen, die Sequenzen sind diejenigen, die ich vergleiche. Es tut mir leid, dass sie nicht lesbar sind, da ich sie nicht "im Rahmen" einfügen kann ... wenn Sie mich bitte darauf hinweisen könnten Literatur zur Identifizierung von Trunkierungsstellen, da ich glaube, dass diese Sequenzen aufgrund der von mir durchgeführten Ausrichtungen rekombinant sind. vielen Dank
Trunkierungsseiten von was? Proteine? Proteinübersetzung? Transkription?
Mein Professor sagte Pro-Peptide ... Ich glaube, die 3 dieser Sequenzen sind Rekombinationen von 1 Hauptsequenz, die ich von UniProt abgerufen habe
Dann würde ich empfehlen, ein Sequenz-Alignment-Tool zu verwenden (clustalw sollte es tun) und die Sequenzen auszurichten, um herauszufinden, ob es Ähnlichkeiten gibt.
Ich habe dies getan und ich habe die Ausrichtungen, die zeigen, dass es Überschneidungen gibt "Um meine Beobachtung zu untermauern, daher mein Beitrag, haben Sie möglicherweise Empfehlungen, in welche Richtung ich schauen sollte? vielen Dank
Die Verwendung der Option "vorformatierter Text" für den Ausrichtungstext würde dazu beitragen, ihn viel besser lesbar zu machen. Und RE Ihren Kommentar zu Ihrem anderen Beitrag - ich bin hilfreich, damit es keine Notwendigkeit für unhöfliche Kommentare gibt, richtig geschriebene und klare Fragen erhalten bessere Antworten, so werden die Dinge auf den SE-Sites gemacht.
Vielen Dank in Bezug auf die vorformatierte Textoption, und es war kein unhöflicher Kommentar. Ich bin neu auf der Website, und alle waren äußerst hilfreich. Wenn Sie jedoch den Beitrag lesen, würden Sie sehen, dass es sich nicht um eine doppelte Frage und seitdem um eine unnötige Antwort handelt Ich bin neu und versuche, mich auf der Website zurechtzufinden. vielen Dank
chat.stackexchange.com/rooms/1997/biology Dies wäre ein guter Ort, um diese Art von Hilfe zu erhalten
Vielen Dank, wissen Sie etwas über die Rekombination von Sequenzen aufgrund von Spaltung und / oder Verkürzungen?

Antworten (1)

Die von Ihnen geposteten Sequenzen scheinen (Protein-) Aminosäuresequenzen zu sein. Das Stoppcodon ist in DNA-Sequenzen und in mRNA-Sequenzen vorhanden.

In der DNA sind die Basen A, G, C und T; Stoppcodons sind TAG, TGA und TAA. In RNA sind die Basen A, G, C und U; Stoppcodons sind UAG, UGA und UAA. In DNA und RNA werden andere Buchstaben verwendet, um die Entartung anzugeben.

Was Sie hier haben, sieht aus wie Proteinsequenzen. Es gibt also keine Stoppcodons in den von Ihnen geposteten Sequenzen.

danke, das ist richtig, ich wollte damit sagen, dass ich nach Trunkierungsstellen gesucht habe, nicht nach Stoppcodons.
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