Enthält DNA Informationen über die Proteinsynthese hinaus?

Es ist allgemein bekannt, dass genetische Informationen in der DNA gespeichert sind. Soweit ich weiß, enthält DNA nur Informationen auf Proteinebene . Was ist mit höheren Ebenen, wie Organellen, Zellen, Gewebe, Organen? Gibt es einen bekannten Informationsträger auf dieser Ebene? Wenn nicht, was leitet diese Strukturebenen?

Hypothese: Oberhalb der Proteinebene gibt es keinen echten Genotyp/Phänotyp. Stattdessen geschieht alles durch Zellteilung. Es gibt also keine Trennung zwischen Information und Verkörperung. Stattdessen geschieht dies durch ein Prototyp-Duplikationsmodell: Zellen wachsen und teilen sich, wodurch mehr Zellen entstehen. Was die Differenzierung in verschiedene Zelltypen und die Organisation in Gewebe und Organe betrifft: Die Informations- und Kontrollsysteme dafür sind derzeit unbekannt.

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Antworten (1)

Was für eine zeitgemäße Frage.

Enthält DNA Informationen über die Proteinsynthese hinaus?

Ja . Tatsächlich machen proteinkodierende Gene nur einen winzigen Teil – weniger als 2 % – der gesamten DNA aus. Es gibt natürlich viele andere Gene, die nicht für Proteine ​​kodieren: Es gibt Gene für ribosomale RNA und wir finden immer mehr Gene, die für kleine RNAs wie tRNA kodieren . Aber selbst wenn wir all diese Gene zählen, kommen wir nicht über vielleicht 10 % der gesamten DNA hinaus.

Der größte Teil der DNA ist stattdessen der Regulation der Genexpression gewidmet, vor allem über die Bindung von Transkriptionsfaktoren (aber das Bild ist viel komplexer als das). Mit dem Abschluss des ENCODE-Projekts wurde eine ganze Reihe von Arbeiten veröffentlicht, die zeigen, dass tatsächlich der größte Teil der DNA aktiv an der Bindung verschiedener Faktoren beteiligt ist (obwohl nicht bekannt ist, wie viel davon tatsächlich zur Fitness der Zelle beigetragen hat).

Aber ich habe Ihre Frage hier ein wenig entführt. Kommen wir also zurück zu dem, was Sie eigentlich interessiert:

Was ist mit höheren Ebenen, wie Organellen, Zellen, Gewebe, Organen?

Es gibt keinen bekannten Mechanismus (über die bereits erwähnte Regulation hinaus), der solche Informationen in der DNA kodieren würde. Es mag schwierig sein, seine Existenz kategorisch auszuschließen, aber da wir keine Maschinen gefunden haben, die zum Lesen solcher Informationen erforderlich wären, können wir ziemlich sicher sein, dass es nicht existiert.

Wenn nicht, was leitet diese Strukturebenen?

Die höheren Organisationsebenen sind allen Anschein nach emergent. Das heißt, sie sind eine Folge der Organisation auf niedrigerer Ebene. Nehmen Sie zum Beispiel das Zytoskelett , das einen Großteil der physikalischen Struktur der Zelle trägt. Es besteht aus verschiedenen Proteinkomplexen, die sich spontan durch Zusammenbau globulärer Proteine ​​(zB Aktin) bilden. Es gibt mehrere Möglichkeiten, wie der Prozess gelenkt werden kann, aber bemerkenswerterweise ist er größtenteils stochastisch  – dh größtenteils ungelenkt, und es gelingt ihm dennoch, ein stabiles Skelett aufzubauen, einfach aufgrund der molekularen Eigenschaften, die in den Proteinen kodiert sind.

Ich denke, das ist ein gemeinsames Thema der Zellorganisation: Die elementaren Bausteine ​​sind durch die DNA kodiert und ihre Häufigkeit streng reguliert. Alles andere, also übergeordnete Organisation, folgt daraus: Fülle und Lokalisierung der richtigen Proteine.

Was die Differenzierung in verschiedene Zelltypen und die Organisation in Gewebe und Organe betrifft: Die Informations- und Kontrollsysteme dafür sind derzeit unbekannt.

Tatsächlich ist hier viel bekannt, und es geht auf die Regulation auf der Ebene der DNA zurück: Wir wissen, dass Gene je nach Zelltyp und Entwicklungsstadium (und Stadium im Zellzyklus) unterschiedlich exprimiert werden. Diese Regulierung ist sehr komplex und ihre Entschlüsselung ist ein langsamer Prozess. Trotzdem werden die hier beteiligten Faktoren einzeln entschlüsselt. Dies ist das Gebiet der Entwicklungsbiologie .

Vielen Dank! Sehr hilfreich. Was ist mit meiner Hypothese, dass nicht alle biologischen Informationen zwischen Genotyp/Informationsträger und Phänotyp/Verkörperung aufgeteilt sind, sondern einige tatsächlich näher an Prototyp + Kopierer liegen? Insbesondere werden Organellen und Zellen niemals ex nihlo aus irgendeiner Art von Information geschaffen , sondern immer von einer bereits existierenden Information abgespalten?
@S.RobertJames Ich weiß es nicht. Ich würde vermuten , dass sich die meisten (wenn auch offensichtlich nicht alle, zB Mitochondrien / Chloroplasten) Organellen auch de novo bilden könnten, da ihre Bestandteile wiederum im Kerngenom kodiert sind und ihr Zusammenbau wiederum entweder spontan oder durch andere Proteine ​​unterstützt erfolgen könnte. Tatsächlich erinnerte mich ein Freund gerade an Dinge wie Zentriolen, die ein Helferprotein für den Zusammenbau benötigen.
Es ist wirklich nicht richtig, die ENCODE-Daten dahingehend zu interpretieren, dass der größte Teil der DNA im menschlichen Genom „aktiv an der Bindung verschiedener Faktoren beteiligt“ ist. Laut ENCODE-Wissenschaftler Ewan Birney funktionieren nur 8 % der DNA in Bindungsfaktoren. Fast 60 % der DNA ist intronisch und wird von ENCODE einfach deshalb als funktional eingestuft, weil sie transkribiert wird. genomeinformatician.blogspot.co.uk/2012/09/…
@Alan Das ist es absolut. Die Interaktion wird in vivo gezeigt. Die Debatte darüber, ob diese Bindung eine Funktion erfüllt (und deren Definition). Ob funktional oder nicht, es wird an irgendeinem Punkt gebunden – entweder durch Transkriptionsfaktoren oder eine Transkriptionsmaschinerie (dh transkribiert). Ewan sagt genau das in dem von Ihnen verlinkten Blogbeitrag, und er relativiert sogar seine Verwendung des Wortes „funktional“.
@Konrad Dies ist ein direktes Zitat: "unter Verwendung sehr strenger, klassischer Definitionen von "funktional" wie gebundene Motive und DNaseI-Fußabdrücke; Orte, an denen wir sehr zuversichtlich sind, dass es einen spezifischen DNA:Protein-Kontakt gibt, wie z. B. eine Transkriptionsfaktor-Bindungsstelle zu die eigentlichen Basen – wir sehen eine kumulative Besetzung von 8 % des Genoms.“ Ich interpretiere dies so, dass nur 8 % „aktiv an der Wirkung verschiedener Faktoren beteiligt“ sind.
@AlanBoyd Nein. Sowohl ich als auch Ewan wären anderer Meinung. Ewan unterscheidet klar zwischen der Definition von „funktional“, die seine Kritiker verwenden, die unter positiver Selektion stehen würde (und die die 8 %-Schätzung ergeben würde, die immer noch weit über den klassischen Schätzungen liegt), und der von ihm verwendeten Definition, die 80 % ergibt. aktiv an der Bindung von <was auch immer> Faktoren beteiligt ist (aber nicht unbedingt zur Fitness der Zelle beiträgt und daher vielleicht nicht unter Selektionsdruck steht).
@AlanBoyd wo hast du Ewan gesehen, der behauptete, dass 60 % Intronic sind? Seid ihr nicht intergenisch, sondern transkribiert? Außerdem, Konrad, tut mir leid, ein Pedant zu sein, aber Gene im menschlichen Genom machen etwa 5 % der menschlichen DNA aus, Protein kodierende Exons machen etwa 2 % aus.
Ewan Birney: "...60% des Genoms mit der neuen detaillierten manuell überprüften (GenCode) Annotation ist entweder exonisch oder intronisch..." Wie Konrad sagt, ist die allgemein zitierte Zahl für kodierende (=exonische) DNA "weniger als 2%“ Daher sind 58% des Genoms intronisch: das sind „fast 60%“.
@AlanBoyd Ich verstehe, sorry, ich dachte, du meinst proteincodierende Gene.