Genstörung, wofür wird sie verwendet, Computerwissenschaftlern erklären? [geschlossen]

Ich versuche, ein Netzwerk zur Genregulation aufzubauen, und dazu benötige ich einige Grundkenntnisse.

In der Genforschung stören wir also Gene. Zum Beispiel sie niederschlagen?

Können Menschen 2 oder 3 Experimentmethoden sagen, um Gene zu stören? Und 3 oder mehr Beobachtungen (Phänotypen) nach Störung?

Wenn es im Kontext von Microarray erklärt werden könnte, wird es sehr geschätzt.

Die Frage ist nicht so organisiert, wenn Sie eine ganze Geschichte erzählen können, bevor die Rechenarbeit begann, danke ich Ihnen sehr.

Ich fürchte, das ist wirklich ein bisschen zu weit gefasst. Störung kann sehr viele Dinge bedeuten, von der Änderung des Expressionsniveaus über das An- oder Abschalten von Genen bis hin zur Veränderung des produzierten Proteins. Die Phänotypen hängen sowohl von der jeweiligen angewendeten Störung als auch von dem spezifischen gestörten Gen ab.
@terdon Vielen Dank für Ihre Kommentare. Was ich frage, ist, wie man Gene stört? Wie führt man Experimente durch, um Gene zu stören? und was sind die möglichen Phänotypen/Ergebnisse nach der Störung?
Ich bin mir nicht sicher, wie Sie es durch Microarray erklären können, da ein Microarray nur eine Anzeige auf Transkriptebene liefert und genetische Störungen nachgeschaltet auf Proteinebene angewendet werden können (z. B. durch Expression eines mutierten Proteins). Auch Störungsstudien in vitro sind sehr vielfältig, wie Terdon bereits erwähnte. Ich würde vorschlagen, Literatur für die Arten von Fragen zu lesen, die Sie beantworten möchten, und zu sehen, wie sie experimentell angegangen wurden, um Ihre Frage besser zu fokussieren.
Diese Frage passt nicht so gut in das SE-Format. Während es mehrere Ideen gibt, die für sich genommen gute Fragen sein könnten ("Wie können Gene gestört werden?", "Welche Phänotypen resultieren aus Genstörungen?", "Wie wird Genstörung für Mikroarrays verwendet?"), scheint es wie diese Frage möchte, dass jemand einen Bericht schreibt, der auf die Forschungsbedürfnisse dieser Person zugeschnitten ist (wie viele zukünftige Besucher werden von einer solchen Antwort profitieren?).
@GeekCat, derzeit ist Ihre Frage zu weit gefasst und enthält tatsächlich mehrere Unterfragen. Es ist wahrscheinlicher, dass Sie eine gute Antwort erhalten, wenn Sie sie in getrennte Fragen aufteilen. Für den Anfang würde ich empfehlen, dass Sie fragen: "Was bedeutet Genstörung im Zusammenhang mit genregulatorischen Netzwerken und wie wird sie praktisch erreicht?" da dies Ihnen hilft zu verstehen, was Sie sonst noch fragen müssen.

Antworten (2)

Hier sind 3:

1) Gen-Knockout. Löschen Sie einfach das Gen aus dem Genom. Die Funktion ist weg – nützlich, um eine direkte Beteiligung des Gens am Phänotyp zu demonstrieren. Als Phänotyp registriert der Microarray neben dem Wegfall der betreffenden RNA allerlei Reaktionen auf den Verlust des Gens.

2) Verwenden Sie die Selektion, um Mutanten für das Gen zu finden. Den Organismus einem Mutagen oder hohen Mengen an UV-Strahlung aussetzen. Nützliche Mutanten variieren je nach Funktion der Gene. Temperaturempfindlichkeit – das Gen funktioniert nicht über 30 °C ist ein Beispiel für einen Phänotyp für eine Mutante , der klassisch verwendet wurde. In diesem Fall ist die Funktion des Gens selbst ein Phänotyp. Dies ist ein Beispiel für eine schwächere Störung. Kann verwendet werden, wenn Knockouts tödlich sind oder wenn das System zu empfindlich für einen Knockout ist.

3) die Umgebungsbedingungen ändern. die Konzentration eines Substrats erhöhen oder die Verfügbarkeit von Nährstoffen verringern. Phänotypen können Wachstums-/Teilungsrate, Produktion eines bestimmten Metaboliten aus den Zellen sein, aber es geht weiter und weiter.

Die Auswirkung auf Microarray-Daten des gesamten Genoms kann in solchen Störungsexperimenten ziemlich komplex sein, da die Kopplung vieler Gene, sogar in Bakterien, breit und signifikant sein kann.

Danke, @shigeta, könnten Sie bitte 3 mögliche Phänotyp-Ergebnisse davon nennen?
Nun, das Mikroarray selbst ist oft der Phänotyp selbst – die RNA-Produktion. Deshalb ist es als Technik so beliebt. Mutantenstudien haben einen messbaren Phänotyp wie die Menge einer Chemikalie, die in der Zelle produziert wird, oder die Wachstumsrate. Phänotypen sind ein sehr breites Thema – sie sind im Wesentlichen JEDES Beobachtbare bezüglich einer Zelle oder eines Organismus. Das ist eine sehr lange Liste, wenn Sie Beobachtungen nach Instrumentierung einbeziehen. Es ist vergleichbar damit, einen Mathematiker zu bitten, alle Eigenschaften von Zahlen aufzulisten.

Störung ist, wenn Sie entweder ein Gen oder Genprodukt einführen oder es mit einer Vielzahl von Ansätzen hemmen, um zu sehen, welche anderen Gene Veränderungen in der Expression oder andere epigenetische Modifikationen zeigen, die mit einem Microarray gemessen werden können.

Wenn die Gene A, B, C, D, E aufgrund der Aktivität von Gen X stärker exprimiert werden, während F, G, H nicht betroffen sind, wenn Sie Microarray-Daten von Proben vergleichen, bei denen X ausgeschaltet wurde, mit denen, bei denen dies nicht der Fall ist , sehen Sie eine verminderte Expression von A, B, C, D und E – Sie können dies als Diagramm darstellen, wobei Gen X der Mittelpunkt ist.

Hoffe, das hilft, Ankur.

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