Welche Datenbanken sind für genregulatorische Netzwerkgraphen ausgehend von einem bestimmten Gen verfügbar? Wo finde ich zum Beispiel ausgehend vom p53-Gen ein Genregulierungsnetzwerk-Bild, das exportiert oder in eine andere Website eingebettet werden kann?
Probieren Sie für eine kostenlose Ressource GenMAPP aus . Kommerzielle Produkte wie Ingenuity Pathway Analysis machen dasselbe mit schöneren Grafiken und einem kuratierten Ansatz zum Netzwerkaufbau, aber der Zugang kann teuer sein, wenn Sie nicht mit einer Institution verbunden sind, die die Rechnung bezahlt.
Wenn Sie sich keinen Einfallsreichtum leisten können, hat sich KEGG auch in regulatorische Netzwerke verzweigt. Hier ist der Link zu ihrer Version des Pfades.
http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04115.html
Es kann kostenlos als Referenz und für die akademische Forschung verwendet werden.
Ich empfehle Ihnen dringend, Pathguide zu besuchen, um einen Eindruck davon zu bekommen, wie umfangreich der Katalog der Pathway-Datenbanken ist. Ein Blick in die Kategorie Pathway Diagrams oder in Transcription Factors / Gene Regulatory Networks sollte bei Ihrer Aufgabe helfen.
Ich würde mit einem Blick auf diese Datenbanken beginnen:
Wenn Sie mit einer anderen Spezies als dem Menschen arbeiten, finden Sie vielleicht eine geeignetere Datenbank in PathGuide.
Viel Glück!
PS: Entschuldigung Neue Benutzerbeschränkungen hindern mich daran, mehr als zwei Links zu posten :/
Slavatron
Shigeta