Ich lerne gerade etwas über die Genexpression und -regulierung. Mehrere Forschungen konzentrieren sich darauf, die Gene mit veränderter Genexpression auf einem Mikroarray zu finden, um zu behaupten, dass sie eine Korrelation zu einer bestimmten Krankheit haben.
Ich bin verwirrt darüber, wie Menschen durch seine Genexpression feststellen können, ob ein Gen herunter- oder hochreguliert ist.
Angenommen, wir haben ein paar Proben eines Gens: Einige der Proben sind normale Patientenproben und der Rest sind mit einer Krankheit infizierte Proben. Bestimmen wir die Regulationsrichtung eines Gens anhand des Verhältnisses der Genexpression von normalen/Krankheits-infizierten Proben?
Wenn zum Beispiel das Verhältnis der Expressionen ein negativer Wert ist, sagen wir dann, dass das Gen ein herunterreguliertes Gen ist, andernfalls ist es ein hochreguliertes Gen?
Wenn Sie Kontrollausdruckswerte haben und z. B. Krankheitsausprägungswerte , nehmen Sie das Verhältnis: . Wenn dieser größer als eins ist, wird er hochreguliert. Normalerweise wird das Log-Verhältnis berechnet: . Ist diese nun positiv, wird das Gen hochreguliert.
Genexpressionswerte werden normalerweise genomweit gemessen und dann normalisiert, bevor die Verhältnisse berechnet werden. Sie haben also selten mit einzelnen Rohausdruckswerten zu tun.