Vergleich von Genexpressionszeitreihen in vitro und in vivo

Ich muss zwei Datensätze analysieren, die aus Zeitreihenmessungen der Genexpression bestehen. Ein Satz sind In-vivo -Daten aus den Expressionsprofilen, die zwischen einigen Tagen vor der Geburt bis zu mehreren Tagen nach der Geburt erhalten wurden. Der zweite Datensatz wurde in einer C2C12-Zelllinie erhalten, wobei t = 0 als der Tag definiert wurde, an dem 100 % Konfluenz erreicht wurde.

Gibt es eine optimale Möglichkeit, die beiden Zeitreihen aufeinander abzustimmen? Einfach die beiden Serien mit den beiden t=0-Samples als Ausgangspunkt auszurichten, erscheint willkürlich.

Willkommen in der Biologie! Ich habe versucht, die Frage zu klären. Fühlen Sie sich frei, einen Rollback durchzuführen, wenn es Ihre Frage nicht mehr widerspiegelt.
Ich würde mich fragen: Macht es Sinn, die beiden Serien aufeinander abzustimmen? Mit anderen Worten, haben Sie Hinweise darauf, dass die Ereignisse im In-vitro-Experiment Ereignissen in vivo entsprechen könnten? Es wäre hilfreich, wenn Sie Ihr Experiment etwas detaillierter beschreiben (wenn möglich, können dies vertrauliche Informationen sein). Welche Art, welches Gewebe, welche Versuchsbedingungen, was ist Ihre wissenschaftliche Fragestellung.
Hallo, ja, es handelt sich um vertrauliche Informationen ... aber danke für die Antwort, ich werde versuchen herauszufinden, ob es eine beste Verschiebung gibt, die die Korrelation zwischen Paaren global maximiert. Wenn nicht alles auf Up/Down-Regulierung zurückgeführt wird...
Dies ist eine mesenchymale Zelllinie, die sich nach Erreichen der Konfluenz (und Serumentzug) in vitro differenziert. Es gibt wahrscheinlich ähnliche Zellen in den Tieren, aber sie könnten einen kleinen Prozentsatz der Gesamtzahl der Zellen ausmachen. Während der Differenzierung in vitro würden Sie erwarten, dass einige Gene im Laufe der Zeit nach unten und andere nach oben gehen. Bei den Tieren würde dieses Signal wahrscheinlich von gewebespezifischen Genen aus Dutzenden von Geweben und Hunderten von Zelltypen überschwemmt werden.

Antworten (1)

Ein direkter Vergleich des Verlaufs zwischen Geweben und kultivierten Zellen wäre schwierig. Anstelle der Zeitskala möchten Sie vielleicht Markierungen verwenden. Kislinger et al. zeigen, dass der Expressionspeak von SIX1 2 Tage nach der Differenzierung liegt; SMAD3, 4 Tage. Ich bin nicht die richtige Person, die sagen kann, welche Marker gut sind, aber ich glaube, Sie könnten mehr Informationen durch Literatursuche finden.

http://www.mcponline.org/content/4/7/887.full

Vergleich von Genexpressionszeitreihen in vitro und in vivo
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