Wie viele koexprimierte Gene wären in einem Gewebe zu erwarten?

Ich arbeite mit Genexpressions-Mikroarrays von Tumorgeweben und möchte ein Programm verwenden, um die Cluster von koexprimierten Genen zu finden, um zu wissen, ob bestimmte Gene mit anderen Genen koexprimiert werden und welche Gene das sind.

Da ich dies für viele Microarray-Experimente tun muss und ich gelesen habe, dass es viele Gene gibt, die in einem Gewebe konstant exprimiert werden, habe ich die Gene nach ihrer Variabilität (Variationskoeffizient) eingestuft, die sie in den Experimenten hatten, und behalte das erste 3000 Gene, um ihre Co-Expression zu suchen. Dann habe ich ein Programm (ein Bioleiterpaket) eingesetzt, um die Co-Expression zu finden.

Nun, ich hatte erwartet, mehrere Gen-Cluster (kein besonderer Grund dafür) in dem Experiment zu finden, das ich als Beispiel benutzte, aber stattdessen finde ich nur ein Cluster von koexprimierten Genen von etwa hundert, und das andere Gene wurden nicht koexprimiert.

Meine Frage ist: könnte dieses Ergebnis einen biologischen Sinn haben, oder mache ich an irgendeiner Stelle einen schrecklichen Fehler?, Danke im Voraus.

Sie gruppierten die Gene basierend auf was?
Es ist wirklich nicht möglich, Ihre Analyse zu interpretieren, wenn wir die Daten nicht kennen. Wie viele Proben (Array-Hybridisierungen) gibt es? Was sind die Bedingungen, erwarten Sie eine gute Vielfalt an Ausdrucksprofilen? Gibt es Anzeichen dafür, dass die Daten von guter Qualität sind, z. B. übereinstimmende Replikate? Viele öffentlich verfügbare Datensätze sind klein / von schlechter Qualität und können nicht für Clusteranalysen verwendet werden.
Vielleicht möchten Sie auch das Labor von Olga Troyanskaya in Princeton besuchen, reducio.princeton.edu/cm/ogt. Sie arbeiten seit einiger Zeit an groß angelegten Koexpressionsproblemen und stellen Softwarebibliotheken bereit, die viele der grundlegenden Probleme lösen.

Antworten (2)

  • Überprüfen Sie die schöne Veröffentlichung von Daniel Ramsköld et al. 2009 , das die Zahlen für die allgemein erwartete Co-Expression enthält.
  • Das spezifische Niveau der Co-Expression, das für Ihr Szenario gilt, hängt von Ihrem Gewebe, Ihren Schwellenwerten und Ihrer Definition von Co-Expression ab.
  • Wenn Sie nach einer gemeinsamen Veränderung einiger Gene in verschiedenen Proben suchen (anstelle einer gemeinsamen Expression), hängt die Anzahl der Gene, die sich ändern sollten, von der zugrunde liegenden Biologie ab (und verhindern somit eine allgemeine Antwort, ohne die Besonderheiten Ihrer Probe zu berücksichtigen). .

Es gibt bestimmte sehr gut definierte Gruppen von Genen, von denen Sie erwarten würden, dass sie koexprimiert werden, z. B. ribosomale Proteine, Proteosom-Untereinheiten, Spleißom-Komponenten, VHATPase-Untereinheiten; und jede dieser Gruppen wird unter verschiedenen Umständen gemeinsam exprimiert. Es scheint mir daher, dass entweder Ihre verschiedenen Tumorgewebe (falls dies der Fall ist) in ähnlichen Zuständen sind, sodass Sie diese Cluster nicht unterscheiden können, oder dass es ein Problem mit Ihrer Analyse gibt.

Wie viele koexprimierte Gene wären in einem Gewebe zu erwarten?
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