Ich frage mich, ob es Unterschiede in der DNA-Methylierung zwischen dem Vorwärts- und dem Rückwärtsstrang des Gens geben soll? Ich frage mich, weil man beim Primer-Design für die Bisulfit-Pyrosequenzierung möglicherweise nur Primer für den Vorwärtsstrang entwirft. Sollte dies für die menschliche / Maus-DNA von Bedeutung sein?
gruss und danke im voraus für jeden rat.
In den meisten Geweben findet nahezu 100 % der DNA-Methylierung an CpG-Stellen statt. Dies stellt einen unkomplizierten Mechanismus für die epigenetische Vererbung bereit. Da C und G komplementär sind, haben beide Stränge die CpG-Stelle am selben Ort, und die Methylierung ist entweder auf beiden Strängen oder auf keinem vorhanden. Während der Replikation erbt jedes Tochter-DNA-Molekül einen Elternstrang mit den (un)methylierten CpG-Stellen. Enzyme können eine asymmetrische CpG-Methylierung erkennen und gegebenenfalls den neuen Strang anschließend methylieren. Für CpG-Stellen sind also beide Stränge methyliert oder nicht.
In embryonalen und induzierten Stammzellen finden jedoch ~25 % der gesamten Methylierung an Nicht-CpG-Stellen (insbesondere CpA) statt. Somit würde die Methylierung an einem bestimmten Ort nur an einem Strang auftreten. Wie/ob dieses Methylierungsmuster vererbt wird, ist meines Wissens noch nicht geklärt. Darüber hinaus tritt diese Art der Methylierung im gesamten Chromosom auf und ist in Exons besonders hoch, während die CpG-Methylierung im Allgemeinen stromaufwärts einer Transkriptionsstartstelle auftritt.
Es gibt auch ein Phänomen namens Hemimethylierung, bei dem einer der Stränge methyliert ist, während der andere nicht methyliert ist oder umgekehrt. Es gab verschiedene Forschungsfragen im Zusammenhang mit Hemimethylierung, mehr darüber finden Sie hier: http://nathansheffield.com/wordpress/what-is-hemimethylated-dna/
daknowles