Ich bin Informatiker (MSc in Computer Engineering) und möchte in den Bereich Synthetische / Systembiologie wechseln. Ich habe ein umfassendes Laienverständnis von Evolution, Genetik, Transkription usw., aber meine akademischen Studien waren in den Bereichen Informatik, Informatik, Technische Informatik und Mathematik.
Hat jemand eine gute Empfehlung für Standardliteratur auf diesem Gebiet, um mich auf den neuesten Stand zu bringen?
Systembiologie
Wingreen & Botstein, die den Graduiertenkurs für Systembiologie in Princeton leiten, haben eine Arbeit darüber geschrieben, wie man das Fach unterrichtet (Wingreen & Botstein, 2006). In dem Papier heben sie die Schlüsselkonzepte hervor, die ihrer Meinung nach für das Verständnis der modernen Systembiologie entscheidend sind, und sie lehren den Kurs durch die Diskussion bahnbrechender Arbeiten auf diesem Gebiet.
Hier ist die Referenz ... Wingreen, N. & Botstein, D. (2006) Zurück in die Zukunft: Ausbildung für Biologen auf Systemebene. Nature Reviews Molekulare Zellbiologie. 7 (11), 829–832.
Das Papier ist leider nicht frei zugänglich, also für diejenigen, die nicht auf das Papier zugreifen könnenedit: @uvesten hat eine kostenlose PDF-Kopie gefunden ! Ich habe ihre Auswahl unten aufgelistet, zusammen mit dem Schlüsselkonzept, von dem sie glauben, dass es jedes bietet ...
Robustheit (dh Funktionserhalt trotz Schwankungen)
Barkai, N. & Leibler, S. (1997) Robustness in simple biochemical networks. Natur. 387913–917.
Evolutionäre Perspektive
Eisen, JA (1998) Eine phylogenomische Studie der MutS-Proteinfamilie. Nukleinsäuren res. 264291–4300.
Microarray-Analyse (und allgemeiner die Bedeutung der Datenvisualisierung)
Eisen, MB, Spellman, PT, Brown, PO & Botstein, D. (1998) Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns. Proz. Natl. Acad. Wissenschaft. VEREINIGTE STAATEN VON AMERIKA. 9514863–14868.
Individualität von Elementen in einem System:
Elowitz, MB, Levine, AJ, Siggia, ED & Swain, PS (2002) Stochastic gene expression in a single cell. Wissenschaft. 2971183–1186.
Maximum Likelihood
Felsenstein, J. (1981) Evolutionäre Bäume aus DNA-Sequenzen: ein Maximum-Likelihood-Ansatz. J.Mol. Entwicklung 17368–376.
Biophysical modeling
Hodgkin, AL (1958) Croonian Lecture, Ionenbewegungen und elektrische Aktivität in riesigen Nervenfasern. Proz. R. Soc. Lang. B. Biol. Wissenschaft. 1481–37.
Zufällige Prozesse und Verteilungen:
Luria, SE & Delbruck, M. (1943) Mutationen von Bakterien von Virussensitivität zu Virusresistenz. Genetik. 28491–511.
Stabiles Umschalten zwischen Zuständen:
Novick, A. & Wiener, M. (1957) Enzyminduktion als Alles-oder-Nichts-Phänomen. Proz. Natl. Acad. Wissenschaft. VEREINIGTE STAATEN VON AMERIKA. 43553–566.
Sequenzähnlichkeit Smith, TF & Waterman, MS (1981) Identifizierung gemeinsamer molekularer Untersequenzen. J.Mol. biol. 147195–197.
Synthetische Biologie
Ein guter Einstieg in dieses Thema ist das Netzwerk Synthetische Biologie:
Ich habe einen ähnlichen Hintergrund (CS wechselte zur Systembiologie) und ich habe viel gelernt, indem ich "Systems Biology: A Textbook" von Edda Klipp et al [1] gelesen habe. Es ist ein sehr guter Überblick über verschiedene Teilbereiche und technisch freundlicher geschrieben als die meisten anderen Bio-Bücher (dh prägnant, auf den Punkt, nicht schüchtern mit Formeln). Der Abschnitt über experimentelle Techniken ist ein echter Schatz, zumindest für mich war die größte Herausforderung, mich an die Art und Weise zu gewöhnen, wie wir in Zellen hineinschauen können.
Ein weiterer Text, den Sie sich ansehen könnten, ist „Eine Einführung in die Systembiologie“ von Uri Alon, aber er ist sehr auf dynamische Modellierung ausgerichtet und gibt Ihnen weniger Überblick.
[2] http://www.amazon.com/Introduction-Systems-Biology-Mathematical-Computational/dp/1584886420
Es gibt ein kürzlich veröffentlichtes Buch von Garland Science für Systembiologie http://www.garlandscience.com/product/isbn/9780815344674
und ein klassisches Lehrbuch: Physical Biology of the Cell http://www.garlandscience.com/product/isbn/9780815341635
Ich habe daran gearbeitet, einen Lehrplan für synthetische Biologie für Nicht-Biologen vorzubereiten, und habe in Prof. Scott Mohrs (BU, Chemie) "Primer for Synthetic Biology" eine großartige Ressource gefunden, die hier verfügbar ist:
Viele Menschen wechseln von einem Mathematik-/Physik-/Informatik-Hintergrund zur Systembiologie und benötigen möglicherweise ein Zellbiologie-Lehrbuch, um ihr allgemeines Biologiewissen auf den neuesten Stand zu bringen.
* Für molekularbiologische Kenntnisse: *Ein umfassender und zuverlässiger Biologietext auf Graduiertenebene ist "Molecular Biology of the Cell" von Alberts:
* Für Biochemie-Wissen, insbesondere in Bezug auf Stoffwechselwege: * Ein Lehrbuch mit mehr Fokus auf Biochemie ist das von Voet&Voet, das sehr umfassend ist: http://www.amazon.com/Biochemistry-BIOCHEMISTRY-VOET-Donald-Voet/dp/ 0470570954/ref=sr_1_1?s=books&ie=UTF8&qid=1361575189&sr=1-1&keywords=voet+biochemistry
Benutzer42010