Ergebnisse einer vollständigen DNA-Sequenzierung – zu 100 % wiederverwendbar?

Ein einziger Sequenzierungslauf deckt in den meisten Fällen nicht das gesamte Genom ab. Aus diesem Grund führen sie mehrere Runden durch, um die horizontale (mehr Regionen des Genoms abdeckende) und vertikale (auch bekannt als Tiefe; mehr Reads pro Locus, damit Sie sicherer sein können) Abdeckung zu erhöhen.

Bearbeiten von dd3: In den Fällen, in denen "ein neues Gen entdeckt wird", dh eine Genom-Reannotation, ist es möglich, zurückzugehen und zuvor gespeicherte Sequenzdaten einzusehen, um herauszufinden, welche Allele eine Person hat (jeder hat jedes Gen, es sei denn , er hat eine Deletion, die sich über die gesamte Länge des Gens erstreckt). Dies ist ein Bioinformatik-Projekt, und wenn Sie daran interessiert sind, mehr zu erfahren, würde ich empfehlen, nach aktuellen Veröffentlichungen zur Genom-Reannotation und Neuzuordnung von Sequenz-Reads zu suchen.

Die Sequenzierung des gesamten Genoms wird im Allgemeinen nicht für die Prognose einer bestimmten Krankheit wie Brustkrebs empfohlen. Der übliche Ansatz besteht darin, eine PCR der Biomarker-Loci durchzuführen und gegebenenfalls eine Sanger-Sequenzierung durchzuführen. Wenn Sie jedoch das Geld haben, können Sie Ihre gesamte Genomsequenzierung durchführen lassen: P

Die Anzahl der Durchläufe, die erforderlich sind, um die Tiefe zu erhöhen, variiert für verschiedene genomische Regionen. Dieser Artikel besagt, dass CpG-Inseln mehr Läufe erfordern. Gemäß diesem Artikel sollte die Tiefe > 3 pro Genotypmarker sein.

Stimmt es, dass eine vollständige DNA-Sequenzierung (des gesamten Genoms) nur einmal (pro Person) durchgeführt werden muss?

Wahrscheinlich, ja. Aber ich glaube, Sie überschätzen gewaltig, wie oft das gemacht wird. Wenn jemand seine DNA beispielsweise bei 23andMe „sequenzieren“ lässt, wird nicht sein gesamtes Genom sequenziert. Sie erhalten einzelne Bits, von denen angenommen wird, dass sie möglicherweise klinisch relevant sind, sequenziert. Es ist eine andere Technologie, als Sie verwenden würden, um das gesamte Genom zu erhalten. Ein ganzes Säugetiergenom ist wirklich groß, daher ziemlich teuer zu sequenzieren, und besteht hauptsächlich aus nicht kodierender DNA von fragwürdiger Relevanz. Daher können Sie einfach die genauen interessierenden Basen genotypisieren oder vielleicht eine Exomerfassung durchführen, wodurch Sie die vollständige Sequenz für etwa 1% des Genoms erhalten, das derzeit als codierend annotiert ist. Offensichtlich wäre keiner dieser Ansätze allumfassend, so dass man sie vielleicht zu einem späteren Zeitpunkt mit neuen Zielregionen von Interesse wiederholen möchte.

Selbst wenn Sie mit der aktuellen Technologie ein ganzes Genom erstellt haben, hat es derzeit Einschränkungen, insbesondere die Leselänge, die es schwierig machen, bestimmte Details auszuarbeiten. Ich könnte mir leicht vorstellen, dass jemand ein Genom mit einer längeren Lesetechnologie neu erstellen muss, wenn diese Technologie eintrifft.

Außerdem entdecken wir nicht wirklich viele neue Gene. Sicherlich keine proteinkodierenden. Wahrscheinlicher ist, dass wir entdecken, dass Varianten in diesem oder jenem Gen für einige Gesundheitsparameter klinisch relevant sein könnten.

Abgesehen von dem, was WYSIWYG gesagt hat. Es kann auch der Fall sein, dass Sie eine Neusequenzierung durchführen müssen, weil Sie daran interessiert sind, die Änderungen zu sehen, die seit der letzten Sequenzierung aufgetreten sind. Denken Sie daran, dass sich Zellen ständig teilen und sich daher verändern, sodass sich die DNA von Zelle zu Zelle (und von Zell- oder Gewebepopulation zu Zellpopulation) leicht unterscheidet. Die Einzelzellsequenzierung ist fast da. Das offensichtliche Beispiel hier ist ein Tumor. Es hilft zu wissen, was passiert ist, und wenn möglich die Mutation des Treibers (oder der Treiber) zu erkennen (Krebszellen neigen dazu, ihre Mutationsrate zu erhöhen).