Fragen zu RNA-Polymerase

Was ist der Unterschied zwischen dem Lesen und Synthetisieren von RNA?

Was ist der Unterschied zwischen Lesen und Schreiben eines Buches? RNA zu synthetisieren bedeutet, eine RNA basierend auf einer DNA-Sequenz herzustellen. Sie zu lesen bedeutet, bereits produzierte RNA zu verarbeiten. Das Lesen impliziert auch, dass Protein basierend auf der Sequenz in RNA produziert wird.

Was ist der Unterschied zwischen synthetisieren und transkribieren ?

"Synthetisieren" bedeutet, ein beliebiges chemisches Molekül herzustellen. "Transkription" ist speziell die Synthese von RNA aus DNA über eine Polymerase (im Gegensatz zu beispielsweise der anorganischen Synthese von RNA de novo , wie sie in einem Chemielabor durchgeführt werden könnte).

Widersprach das nicht gerade Satz 2?

Es heißt nur, dass Gene vorwärts oder rückwärts orientiert sein können. Reverse Gene befinden sich auf dem gegenüberliegenden Strang, also sind sie immer noch 5' bis 3' (die 5'-Enden der beiden Stränge befinden sich an gegenüberliegenden Enden der DNA). Aber jedes Gen muss noch einen Promotor auf seiner 5'-Seite haben.

Und eigentlich stimmt das nicht ganz: Es gibt bidirektionale Promotoren, die eine Transkription in beide Richtungen bewirken.

Wenn RNA-Polymerase an einer Stelle rekrutiert wird, um die DNA zu "bewegen", was tut sie, wenn sie sich "bewegt" (lesen? synthetisieren? transkribieren? wtf?).

Normalerweise wird es transkribiert (es wird also auch synthetisiert oder "gelesen"). Aber technisch gesehen gehören RNA-Pole zu einer Familie von Proteinen, die "molekulare Motoren" sind, was bedeutet, dass ihre grundlegende Aktivität darin besteht, sich Schritt für Schritt entlang der DNA zu bewegen, wie ein kleiner Affe, der eine Leiter hochklettert. Bei RNA-Pols ist die RNA-Synthese an diese Bewegung gekoppelt, sodass jeder Schritt auf der DNA auch dazu führt, dass der RNA, die sie herstellen, ein Buchstabe hinzugefügt wird.

Technisch gesehen bewegt sich der RNA-Pol nicht nur und stellt DNA her, sondern wickelt auch die beiden DNA-Stränge ab und trennt sie. Dies kann jedoch den Rahmen Ihres Materials sprengen.

Mein Verständnis ist, dass dies der "transkribierte Strang" ist, nicht der "codierende Strang" der DNA, richtig?

Es entsteht RNA, die der Sequenz des Gens entspricht (außer T->U), und sie wird durch Basenpaarung zu DNA zusammengesetzt. Wenn es mit dem Strang gepaart wird, auf dem sich das Gen befindet, würde die RNA als umgekehrtes Komplement des Gens herauskommen. Stattdessen wird es auf dem gegenüberliegenden Strang zusammengesetzt, der bereits der RC des Gens ist. RC von RC einer Sequenz ist dieselbe Sequenz. Wir sagen also, RNA wird vom "nicht-kodierenden" Strang transkribiert, aber bedenken Sie, dass diese kodierenden/nicht-kodierenden Zuordnungen willkürlich sind und nur von uns Menschen verwendet werden, die Zelle hat keine spezielle Markierung dafür (jenseits der 5 '/3').

Ich verstehe diesen Absatz nicht und je mehr ich ihn lese, desto verwirrter werde ich. Könnte jemand bitte klären (vorzugsweise mit Bildmaterial)?

Es ist ganz einfach: DNA ist gerichtet(wegen 5'/3') String von ACTG. Es ist mit einem anderen, komplementären Strang gekoppelt, der ihm gegenüber verläuft. Die Sequenz auf beiden Strängen kann bedeutungslos sein oder Teile davon können Gene kodieren. Gene bestehen aus einem Promotor, einer Sequenz und einem Terminator. RNA-Pole können an beiden Strängen entlang gleiten, jedoch nur in 5 'bis 3'-Richtung, sodass sie auf gegenüberliegenden Strängen in entgegengesetzte Richtungen gleiten, wie Autos auf einer Einbahnstraße. Wenn RNA pol auf einen Promotor trifft, beginnt es mit der Synthese einer RNA: Es trennt die beiden Stränge und lässt einzelne RNTPs Basenpaare mit dem entgegengesetzt gerichteten Strang bilden, wenn sie dies tun, klebt es ihre Phosphatrückgrate zusammen. Es gleitet weiter und stellt so RNA her, bis es eine andere Sequenz erreicht, den Terminator, an welchem ​​Punkt es aufhört, RNA zusammenzubauen und sie freisetzt. Die RNA bricht die DNA ab und macht sich auf den Weg,

Somit wird für jedes Promotor-Terminator-Paar jede Sequenz, die sich dazwischen befindet, in eine RNA transkribiert. Das sind im Grunde Gene. Diese Gene können sich auf jedem DNA-Strang befinden und müssen immer von 5' nach 3' des Strangs ausgerichtet sein, auf dem sie sich befinden. Somit erscheinen Gene auf gegenüberliegenden Strängen in Bezug zueinander "umgekehrt".

„Satz 1:

Was ist der Unterschied zwischen dem Lesen und Synthetisieren von RNA?"

Satz 1 bezieht sich auf das, was am trivialsten ist, wenn auch am wichtigsten, um es nicht falsch zu verstehen: RNA-Polymerase soll in 5'- bis 3'-Richtung "arbeiten" ( Wikipedia, RNA-Polymerase) .

Um Ihre Frage entsprechend zu paraphrasieren: Was würde „arbeiten“ in diesem Satz bedeuten? Es würde bedeuten, RNA zu „synthetisieren“, es würde nicht bedeuten, DNA zu „lesen“ (das Lesen beschreibe ich als „Entwirren/Reisen“ von '3 nach '5, während es sich gleichzeitig von '5 nach '3 "verlängert". Richtung). Wie es jetzt vorkommt: Der Text sagt "... RNA-Polymerase liest eine DNA- Vorlage ..."! Wenn Sie also Ihre Frage in "... Unterschied zwischen dem Lesen von DNA (lassen Sie "DNA" nicht aus") und der Synthese von RNA ändern, wird die Frage anscheinend beantwortet. Dies ist jedoch nicht die ganze Geschichte. Ich denke, es ist nicht leicht, das zu erkennen , siehe oben, die "Arbeit" ist wie altmodische Hausaufgaben (auf Deutsch: "Stricken"):

Wenn die Polymerase eine Bank oder einen großen Tisch hätte, würde sie "auf den Kopf" gehen und von 5 bis 3 Uhr arbeiten, nicht umgekehrt. Die Polymerase muss den Brief, den sie gerade als bestellt gelesen hatte, an das Ende der Liste setzen, die „erlischt“, die Polymerase also von 5 auf 3 „tischwarten“, was „sinnvoll“ ist. Also - "Lesen" könnte in Bezug auf die Richtung sehr wohl "Synthetisieren" sein - ist es jedoch, definiert durch den Mechanismus, nicht (es ist zuerst rein, DNA, zuerst raus, RNA, "nichts auf Lager"). Wiederum auf überraschende Weise – um genau zu sein: in Bezug auf die Richtung – könnte das Lesen synthetisieren, ist es aber nicht.

„Satz 2:

Was ist der Unterschied zwischen Synthetisieren und Transkribieren?"

Satz 2 verwendet das Wort transkribieren nicht. Im Zusammenhang mit Satz 2 sind Synthetisieren und Transkribieren synonym.

„Satz 3:

Widersprach das nicht gerade Satz 2?"

Satz 3 erklärt nicht vorläufig, was Satz 4, der folgende, erklärt: "...jeder Promotor ... gibt an, in welche Richtung sich die RNA-Polymerase entlang der DNA bewegen wird." Somit scheint Satz 3 die Mehrdeutigkeit von Satz 2, die in der Frage der „Richtung“ liegt, nicht „aufzuklären“. Das Wort "Richtung" in Satz zwei macht nicht deutlich, wie sich "Richtung" auf das Konzept der Richtung bezieht, wie es der Autor in Satz 1 verwendet. Ein bestimmtes Gen definiert "jede" Richtung (worüber Sie in einer Ihrer Antworten geschrieben haben). ).*

„Satz 4:

Wenn die RNA-Polymerase an einer Stelle rekrutiert und angewiesen wird, die DNA „mitzubewegen“, was tut sie, wenn sie sich „mitbewegt“ (lesen? synthetisieren? transkribieren? wtf?).“

Es transkribiert (allgemeinster Begriff) durch Lesen (der Matrize/Antisense)-DNA und Synthetisieren von RNA (vgl. Antwort zu Satz 1 oben) entsprechend, first in first out, Elongation first wird last (es gibt kein Gedächtnis).

„Satz 5:

Mein Verständnis ist, dass dies der "transkribierte Strang" ist, nicht der "codierende Strang" der DNA, richtig?"

Richtig.