Gesamtgenomsequenzierung und B-Chromosomen

Ermitteln Techniken zur Sequenzierung des gesamten Genoms B-Chromosomen, wenn solche Chromosomen vorhanden sind?

Mein Verständnis ist wie folgt:

Wie das DNA-Material in einem B-Chromosom kartiert wird, hängt von der Referenzkarte ab und nicht davon, wie das Material für die zu sequenzierende Probe in Chromosomen verpackt wird.

Ist das richtig?

Antworten (3)

Sie können Unterschiede in der Abdeckung (Anzahl der Reads, die bestimmten Referenzregionen zugeordnet sind) verwenden, um abzuleiten, ob ein B-Chromosom vorhanden ist.

Die Analyse der Abdeckungsrate von NGS-Reads kann Informationen über den genomischen Inhalt des B-Chromosoms liefern. Schau dir mal den unten genannten Artikel an:

Valente GT et al. (2014). Herkunft und Entwicklung von B-Chromosomen im Buntbarsch Astatotilapia latifasciata basierend auf integrierten Genomanalysen. Mol Biol Evol. 31. August 2014 (8): 2061-72

Können Sie eine kleine Erklärung hinzufügen, wie die Abdeckung verwendet werden kann, um den genomischen Inhalt des B-Chromosoms abzuleiten. Eine veranschaulichende Abbildung aus der Erwähnungsreferenz würde auch genügen. Wir würden uns sehr über eine Erläuterung freuen, zusätzlich zu einem Link zur Referenz.

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Die beigefügte Abbildung zeigt die Leseabdeckung von Illumina für zwei 0B-, zwei 1B- und eine 2B-Probe. Beachten Sie, dass die Abbildung spezifische genomische Regionen mit einer höheren Leseabdeckung für die 1B- und 2B-Proben im Vergleich zu den 0B-Proben zeigt.

Willkommen bei Bio. Könnten Sie Quellen für Ihre Daten angeben und antworten? Referenzen sind hier erwünscht.
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