Ich vergleiche 12 Metagenome. Ich verwende HMM-Zählungen einer Reihe von Proteinen, von denen bekannt ist, dass sie als Gruppen innerhalb bestimmter Operons existieren. Ich habe die HMM-Zählungen für jeden Operontyp gruppiert und den Shannon-Weaver-Index für jedes Metagenom berechnet.
Meine Frage ist: Kann ich diese Indizes vergleichen? Gibt es einen besseren Test als den Mann-Whitney-U-Test? Ich würde dies gerne für die nicht gruppierten Daten tun, aber ich habe viele Nullen für einige Felder?
Ich bin kein Experte für den Shannon-Weaver-Index, aber laut Wikipedia ist es dasselbe wie die exponentiell transformierte Renyi-Entropie . Wenn dies der Fall ist, können Sie sie vergleichen, da es sich um skaleninvariante zusammenfassende Statistiken handelt. Wenn Sie Fehlerbalken wünschen, können Sie jederzeit Resampling-Methoden wie Bootstrapping ausprobieren. Hypothesentests können auch mit Bootstrapping durchgeführt werden, obwohl die Aussagekraft des statistischen Tests möglicherweise nicht sehr stark ist und die Null nicht zurückweisen kann.
Es ist ziemlich einfach, dieses Maß durch die Anzahl der Beobachtungen zu normalisieren, sodass Sie am Ende Werte im Bereich von 0 bis 1 haben können, die viel einfacher zu vergleichen sind.
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