Wie heißt dsRNA (oder DNA), bei der alle Komponentenstränge identisch sind (dh bei denen der Komplex aus mehreren Kopien derselben ssRNA besteht)?
Beispiel: 2 identische ssRNAs bilden eine dsRNA
C C G C G G C G G
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G G C G G C G C C
Gibt es außerdem einen anderen Namen dafür, abhängig vom Grad der Komplementarität (vollständige Watson-Crick-Komplementarität vs. vollständige Komplementarität mit Nicht-Watson-Crick-Basenpaaren vs. geringere Komplementarität aufgrund von Ausbuchtungen usw.)?
Meine Gedanken
Sie würden wahrscheinlich nicht "RNA-Homo n-Mer" sagen (für das obige Beispiel "Homo-Dimer / 2-Mer"), da ich annehme, dass sich dies auf eine 2 Nukleotide lange ssRNA beziehen würde?
Können Sie die Begriffe Dimer, Trimer, Tetramer, 5-mer, 6-mer usw. auf mehrere Arten verwenden? (a) bezieht sich auf die Bindung von Nukleotiden aneinander, um ein Polymer/n-mer von Nukleotiden zu bilden, dh Polyribonukleinsäure, und (b) auf die Bindung von ganzer ssRNA oder dsRNA aneinander, um ein "Dimer" zu bilden?
Sie würden es wahrscheinlich auch nicht als "Homoduplex" bezeichnen, da sich dies auf etwas bezieht, das mit chromosomalem Crossover zusammenhängt .
Eine solche Nukleinsäuresequenz wird als Palindrom oder Palindrom bezeichnet .
Wikipedia hat einen Eintrag für die palindromische Sequenz , in dem sie wie folgt definiert ist:
Eine palindromische Sequenz ist eine Nukleinsäuresequenz auf doppelsträngiger DNA oder RNA, wobei die Lesung von 5' (Fünfstrich) bis 3' (Dreistrich) vorwärts auf einem Strang mit der Sequenz übereinstimmt, die von 5' bis 3' auf dem komplementären Strang lautet, mit dem es bildet eine Doppelhelix. Diese Definition von Palindrom hängt somit davon ab, dass komplementäre Stränge palindromisch zueinander sind.
Es sollte beachtet werden, dass dies eine Beschreibung (eher als ein Name ) ist, die normalerweise auf Segmente größerer Nukleinsäuremoleküle oder auf synthetische Konstrukte angewendet wird. Mir ist kein generischer Name für kurze dsRNA (oder dsDNA) wie der in der Frage bekannt, da sie meines Wissens nicht in der Natur vorkommen und es daher keinen Grund gab, einen Namen für sie zu entwickeln. Daher gibt es auch keine Namen für Varianten. Wenn Sie einen Artikel über solche Dinge schreiben möchten, müssten Sie Ihre eigenen Begriffe erfinden, aber halten Sie sich von '-mers' fern (siehe Verwendung von zB Tetramer ).
Die in der Frage dargestellte Sequenz entspricht nicht der obigen Wikipedia-Definition, da sie eine zentrale Fehlanpassung aufweist und daher keine perfekte Doppelhelix ist. Da die Verwendung des Begriffs Palindrom für Nukleinsäuren jedoch eine etwas unbekümmerte Erweiterung der allgemeinen Verwendung des englischen Wortes Palindrom ist (ein Beispiel dafür ist „ABLE WAS I ERE I SAW ELBA“), würde ich eine weitere geringfügige Modifikation in Betracht ziehen der Definition des Wikipedia-Autors als einwandfrei.
Die spezifische Sequenz, die Sie gepostet haben, ist streng genommen kein Palindrom, da das umgekehrte Komplement des oberen Strangs nicht mit dem unteren Strang identisch ist. Obwohl es keine zentrale Stelle gibt, die diese Definitionen macht, wäre ein besserer Begriff meiner Meinung nach invertierte Wiederholungen , von denen Palindrome eine Untergruppe sind (invertierte Wiederholungen ohne dazwischenliegende Sequenz). Das letzte Wort wäre natürlich seine vorherrschende Verwendung in der Literatur (mit der ich nicht allzu vertraut bin).
Darüber hinaus bildet die spezifische Sequenz, die Sie gezeigt haben, eine interne Schleife , obwohl es nicht erforderlich ist, dass interne Schleifen aus invertierten Wiederholungen gebildet werden.
Nicolai