Die offizielle Seite der HUGO-Gennomenklatur besagt, dass GPR172A (Gamma-Hydroxybutyrat-Rezeptor) und SLC52A2 (Riboflavin-Transporter, Mitglied 2) identisch sind. Die von Andriamampandry berichtete Sequenz scheint dieselbe zu sein, aber ich finde keine anderen Beweise. Kann mich jemand aufklären?
(Ich frage mich, ob ich die SLC52A2-Informationen zur GHB-Rezeptor-Wikipedia-Seite hinzufügen sollte .)
Dies ist kein Fall von Genspleißen, das unterschiedliche Proteinvarianten verursacht. In den Studien, die diese beiden Funktionen (GHB-Empfindlichkeit und Riboflavintransport) identifizierten, verwendeten sie DNA, die von mRNA (cDNA) abgeleitet war, was bedeutet, dass das, was in ihren Experimenten exprimiert wurde, keine Introns hatte, sodass es keine Möglichkeit für alternatives Spleißen gab.
Dieses Gen hat eine seltsame Geschichte, hier ist die Zusammenfassung:
Takeda und Co. Laden Sie eine Kopie des menschlichen Genoms herunter und übersetzen Sie es auf der Suche nach GPCRs. Sie sehen sich alle ORFs an, die KEINE Introns hatten: „Wir haben intronlose offene Leserahmen (ORFs) gesammelt, die lang genug waren, um GPCRs aus dem menschlichen Genom abzudecken.“ Sie betrachten auch nur Dinge mit 6-8 Transmembranhelices, wie sie vom Vorhersageprogramm SOSUI bestimmt wurden. Einer der GPCRs, die sie fanden, wurde als hGCRP41 (hypothetisches Protein ähnlich GPCR) bezeichnet, Zugangsnummer: AB083623 . Sie berichten, dass es wahrscheinlich 8 Transmembranhelices und 418aa hat. Dieses Protein existiert wahrscheinlich nicht, weil sie in ihrer Analyse zwei Introns direkt durchgelesen haben. Das Protein endet auch in der Mitte eines Frame-verschobenen Exons.
Als nächstes suchen Ericsson et al. nach Rezeptoren für das endogene Schweine-Retrovirus und finden dieses Gen. Sie verwendeten cDNA, um eine Reihe von transduzierten Zelllinien herzustellen, die unterschiedliche menschliche cDNAs exprimierten. Sie fanden zwei verwandte Proteine, die als Rezeptoren für das endogene Schweine-Retrovirus dienen könnten. Sie nannten den ersten HuPAR-1 , der 445 aa lang ist und 11 Transmembranhelices hat. Dies ist die Länge einer der richtigen Spleißvarianten dieses Gens.
Andriamampandry sucht nach Gammahydroxtbutyrat (GHB)-Rezeptoren, indem er cDNA verwendet und sieht, welche cDNA-transduzierten Zellen für GHB empfindlich werden. Sie finden zwei nette Proteine, die empfindlich auf GHB reagieren, GHBh1 und C12K32. GHBh1 ist identisch mit HuPAR-1 , es hat 445 Aminosäuren und 11 Transmembranhelices. C12K32 ist eine Frameshift-Version von GHBh1, die etwas länger ist, aber die gleiche Anzahl von Helices hat. Sie hatten bereits 2013 ein 512aa-Ortholog in Ratten gefunden .
Schließlich haben wir Yao et al., die nach Homologen zu ihren Riboflavin-Transportern suchten. Sie fanden eine in einer cDNA-Bibliothek, und sie war 445 aa lang. Aber sie bemerkten beim Sprengen, dass die Leute es einen GPCR genannt hatten. Sie weisen darauf hin, dass dies seltsam ist, da es 11 Transmembranhelices hat, und zeigen weiter, dass es sich um einen Riboflavin-Transporter handelt, und kommen zu dem Schluss: „Die molekulare Funktion von GPR172A muss noch bestimmt werden. Wir haben es als hRFT3 bezeichnet (GenBank - Zugangsnummer AB522904 ) basierend auf seiner funktionellen Charakterisierung wie unten gezeigt.“ Dieses Papier ist in ziemlich schlechtem Zustand, weil es irgendwie nicht auf das Papier von Andriamampandry eingeht, das Daten präsentierte, die seine Funktion als GPCR unterstützen.
Es wurde also gezeigt, dass dieses Protein in dieser spezifischen gespleißten Formation ein Virusrezeptor, ein GHB-G-Protein-gekoppelter Rezeptor und ein Riboflavin-Transporter ist. Es ist sehr seltsam, dass es sich um einen GPCR mit 11 Transmembrandomänen handelt ... sie haben sehr selten mehr oder weniger als 7. Ich würde auf weitere Studien warten, um diese beiden Ergebnisse zu bestätigen, bevor ich akzeptiere, dass dieses Protein ein XXL ist GPCR im Schwarzlicht als Riboflavin-Transporter.
Es ist ziemlich üblich, dass ein Gen mehrere Namen hat. Ich kann es nicht mit Sicherheit sagen, aber Jax und GeneCards listen sie auch als Synonyme auf, also würde ich sagen, dass sie mit Sicherheit gleich sind
http://www.informatics.jax.org/marker/MGI:1289288
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SLC52A2
Bearbeiten als Antwort auf Kommentar:
In höherstufigen Eukaryoten hat die überwiegende Mehrheit der Gene mehr als eine Isoform als Ergebnis des alternativen Spleißens, und dies kann die Proteinsequenz und Funktion dieses Proteins drastisch verändern. Selbst wenn es vom Gen stammt, können also zwei verschiedene Isoformen völlig voneinander unabhängige Funktionen haben.
Laut ensembl hat dieses Gen 14 Isoformen.
http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Splice?g=ENSG00000185803;r=8:145577795-145584932
Natürlich könnte es auch eine Art posttranslationale Modifikation geben, die auch die Funktion verändern könnte, aber ich würde sagen, dass es am wahrscheinlichsten ist, wenn dasselbe Gen zwei unterschiedlich funktionierende Proteine produziert, dass dies auf alternatives Spleißen zurückzuführen ist.
Michael Kühn