Suche nach Protein-Protein-Wechselwirkungen

Ich habe STRING db verwendet, um alle Wechselwirkungen des Vorläuferproteins APP zu finden. Was ich speziell brauche, ist eine Bestätigung (unterstützt durch einige Artikel und Experimente darin). Aber eine beträchtliche Anzahl von Interaktionspartnern hat nur eine "Datenbank" -Bestätigung (meistens Weiterleitung an Reactome- und KEGG-Daten). Die Suche in diesen Datenbanken gibt mir weder Artikel noch das Vorhandensein dieser Proteine ​​​​in einem Weg (was seltsam ist). Wie kann ich die Daten erhalten? Vielen Dank im Voraus!

Könnten Sie die spezifische KEGG-Kennung hinzufügen?
@James Als Beispiel für etwas Protein?
Es gibt mehrere Gründe, warum Sie die Referenzen möglicherweise nicht finden können. Möglicherweise wissen Sie nicht, wonach Sie suchen, oder das spezifische Protein ist nicht referenziert. Es wäre hilfreich, mit Ihrem Beispiel zu beginnen und von dort aus weiterzuarbeiten.

Antworten (2)

Sie können versuchen, die IntAct Molecular Interaction Database zu verwenden . Die Daten dieser Datenbank basieren auf:

  • Daten aus der Literatur oder aus direkten Datenhinterlegungen durch fachkundige Kuratoren
  • <300.000 binäre Interaktionen im Jahr 2011, entwickelt vom Proteomics Services Team des EBI
  • neuere Referenz: Aranda et al. '10

Dies wird auch in der Zusammenfassung des Artikels von Aranda et al.10 erwähnt:

IntAct ist eine Open-Source-Datenbank und ein Toolkit für molekulare Interaktionen mit offenen Daten. Die Daten werden aus der Literatur oder aus direkten Datenablagen von erfahrenen Kuratoren nach einem tiefen Annotationsmodell abstrahiert, das einen hohen Detaillierungsgrad bietet. Seit September 2009 enthält IntAct über 200.000 kuratierte Beweise für binäre Interaktionen. Als Reaktion auf das wachsende Datenvolumen und die Benutzeranfragen bietet IntAct jetzt eine zweistufige Ansicht der Interaktionsdaten. Die Suchschnittstelle ermöglicht es dem Benutzer, komplexe Abfragen iterativ zu entwickeln, wobei die detaillierte Annotation mit hierarchisch kontrollierten Vokabularen ausgenutzt wird. Die Ergebnisse werden jederzeit in einer vereinfachten, tabellarischen Ansicht bereitgestellt. Spezialisierte Ansichten ermöglichen dann das „Hineinzoomen“ der vollständigen Annotation von Interaktionen, Interaktoren und deren Eigenschaften. Quellcode und Daten von IntAct sind frei verfügbar

Außerdem können Sie die EvidenceRegisterkarte in String verwenden ( ich nehme an, Sie haben dies bereits versucht, aber falls Sie es nicht getan haben ): Sie können dann auf klicken , dann wird so etwas angezeigt: Sie können sehen, wie (z. B. Rekonstituierter Komplex-Assay) und Sie können sehen, von welchem ​​Artikel diese Interaktion stammt, wenn Sie auf ein Element in der Tabelle klicken:
Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein
ExperimentsGeben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Die STRING-Datenbank zeigt das Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk und punktet nach dem Vorhandensein und Fehlen einer experimentellen Überprüfung, die Protease-Assay, Köder-Coimmunopräzipitation, Western-Assay usw. sein kann.

Wenn Sie weitere Bestätigung benötigen, sollten Sie so viele verwandte Artikel wie möglich zu APP lesen.

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