Unterscheiden sich die Haushaltsgene zwischen den Geweben?

Ich arbeite an einem RNA-Seq-Projekt und bin mir bewusst, dass einige Forscher Haushaltsgene als Normalisierungsmethode verwenden. Mein Projekt hat mehrere verschiedene Gewebe, und ich habe mich gefragt, ob die Housekeeping-Genexpression im Allgemeinen über den Gewebetyp hinweg unveränderlich ist.

Das universelle Housekeeping-Gen gibt es nicht.

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Meine Erfahrung ist: Ja, sie können sehr unterschiedlich sein (je nach genetischem Profil der Zellen) und das muss man testen. Als Einstieg kann ich die Lektüre der unten aufgeführten Artikel empfehlen. Diese untersuchen dies meist im Zusammenhang mit der Realtime-PCR, dies sollte jedoch auch für RNAseq gelten. Für einige Anwendungen ist es auch eine gute Idee, mehr als ein Gen zur Normalisierung zu verwenden.

Verweise:

  1. Präzise Normalisierung quantitativer Echtzeit-RT-PCR-Daten durch geometrische Mittelung mehrerer interner Kontrollgene.
  2. Auswahl von Housekeeping-Genen für Genexpressionsstudien in humanen Retikulozyten mittels Real-Time-PCR
  3. Referenzgene / Haushaltsgene
  4. Genontologie-basierte Housekeeping-Genauswahl für die RNA-seq-Normalisierung

Es hängt von der Definition der Haushaltsgene ab. ENCODE veröffentlichte kürzlich RNA-seq von 17 Geweben in 8 Entwicklungsstadien .

Eine Liste von Haushaltsgenen wurde ebenfalls bereitgestellt.

Sie sind nicht genau konstant. Sie sind nur weniger variabel als andere Gene.

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Ihre Antwort klingt, als ob sie richtig sein könnte, aber damit der Leser dies herausfindet, muss er zu einer externen Website gehen. Es wäre nützlicher und würde unserem Modell mehr entsprechen, wenn Sie Ihre Aussage "Sie sind nicht genau konstant" mit einigen repräsentativen Beispielen konkretisieren könnten, die es uns ermöglichen würden, Ihre Antwort zu bekräftigen. Der interessierte Leser (das Poster hat vermutlich sein Projekt jetzt beendet) kann Ihrem Link folgen, um alle Details zu erfahren.
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