Ich habe einen Datensatz mit Expressionsniveaus einer Liste von Genen, die zu zwei verschiedenen Zeitpunkten zwischen zwei Gruppen wiederholt gemessen wurden; eine Kontrollgruppe und eine Krankheitsgruppe.
Ich möchte die Veränderungen im Ausdruck zwischen den beiden Gruppen identifizieren, habe jedoch einige Probleme bei der Formulierung, wie dies am besten zu tun ist. Zum Beispiel, wenn ich habe Und wie die Kontrollgruppe gemessen an Und bzw. und Und Als Krankheitsgruppe hatte ich versucht:
Ich habe das Gefühl, dass eine Faltungsänderung angebracht wäre, aber es scheint logisch keinen Sinn für die Gene zu machen, wo oder .
Könnte jemand ein geeignetes Verhältnis oder Maß vorschlagen? Dies ist einfach genug, wenn es einfach um einen Vergleich zwischen C und D geht (z. B. finden Sie gerade ), aber ich bin mir nicht sicher, wie ich die verschiedenen Zeitpunkte behandeln soll.
Das Genexpressionsprofil kann sich zu unterschiedlichen Zeitpunkten zwischen den beiden Gruppen ändern; Sie sollten entscheiden, was Sie tatsächlich messen möchten. Wenn Sie sehen möchten, ob sich die erkrankte Gruppe von der Kontrollgruppe unterscheidet, sollten Sie sie zu jedem Zeitpunkt vergleichen. In den meisten Situationen müssten Sie nur ihr stationäres Verhalten vergleichen.
Stellen Sie sich ein erkranktes Individuum vor, das in bestimmten Entwicklungsstadien einige physiologische Unterschiede zur Kontrolle aufweist, sich aber am Ende als völlig normal herausstellt. Was also in den meisten Fällen zählt, ist der stationäre Zustand und nicht die Transienten.
Wenn Sie jedoch an der Änderung des Ausdrucks interessiert sind , sollten Sie ([D 1 ] - [D 0 ]) mit ([C 1 ] - [C 0 ]) vergleichen . Dies wird Ihnen sagen, ob die Dynamik der erkrankten und der Kontrollproben ähnlich ist oder nicht.
Es gibt Probleme mit Falzänderungen. Obwohl es sich um anständige Maße handelt, können Sie mit Fold-Änderungen keinen t-Test wirklich anwenden (Normalisierung auf 1 ist eine andere Sache).
Sie können einen weiteren t-Test zwischen [C 1 ] und [C 0 ] durchführen (ähnlich für D ). Dies würde Ihnen sagen, ob die erkrankte oder Kontrollpopulation ihre Expression zum Zeitpunkt t = 1 ändert oder nicht.
AFAIK kann man die Dynamik und die Werte nicht simultan vergleichen. Was Sie testen sollten, hängt davon ab, was Sie interessiert.