Was bedeuten Sondennummer und Segmentierung in Daten der Kopienzahlvariation (CNV).

In den Daten der TCGA-Kopiennummervariation (CNV) gibt es eine Spalte mit dem Titel Num_Probes. Was bedeutet die Sondennummer in Bezug auf die folgenden Probendaten?

Chromosome  Start   End Num_Probes  Segment_Mean
1   61735   62152   4   1.1973
1   62920   12777697    6514    2.2882

Laut Wikipedia sind Sonden normalerweise 100-1000 Basen lang. Dann bedeutet es in der ersten Reihe darüber, dass 4 Sonden benötigt wurden, um die Region zu identifizieren (61735 - 62152). Was wäre in diesem Fall die Bedeutung von Segment_Mean?

Antworten (1)

Die von Ihnen geposteten Daten scheinen von GISTIC erstellt worden zu sein , einem Programm, das häufig von TCGA verwendet wird , um Änderungen der Kopienzahl zu erkennen. Unter der Annahme, dass die Daten wirklich von GISTIC produziert werden, bezieht sich "Segment_Mean" meines Wissens auf das durchschnittliche Log2-Verhältnis der Sonden in diesem bestimmten Segment. Sieht so aus, als ob die Kopienzahl Ihres 4-Sonden-Segments in Ihrem Beispiel etwas weniger als die Hälfte der Kopienzahl des längeren Segments ist.

Sie können auch versuchen, die GISTIC Google-Gruppe zu verwenden, um mehr zu erfahren.

Wenn eine Probe eine CNV-Verstärkung bei 12792599 - 13278863 mit Sonde Nr. 100 und einem Segmentierungs-Mittelwert von 0,4 aufweist und wenn eine andere Probe ebenfalls eine CNV-Verstärkung an derselben Position 12792599 - 13278863 mit Sonde Nr. 200 und einem Segmentierungs-Mittelwert von 0,5 aufweist, bedeutet dies die 2. CNV-Region ist wichtiger als die 1. CNV-Region? Ich verstehe die Bedeutung der Segmentierung hier nicht.
Vereinfachte Antwort: Höheres Segment bedeutet == höhere Kopienzahl. Die Anzahl der Sonden für jede Region spielt wahrscheinlich keine Rolle. Auch eine Differenz von 0,1 zwischen den Segmentmittelwerten der einzelnen Regionen spielt wahrscheinlich auch keine große Rolle.
Was bedeuten Sondennummer und Segmentierung in Daten der Kopienzahlvariation (CNV).
AntwortenHierDatenschutz-Bestimmungen1y, 0v