Die E.coli-DnaB-Helikase ist essentiell für die Replikationseinleitung vom chromosomalen Replikationsursprung (oriC) und liegt in vivo als Proteinkomplex mit sechs Monomeren des DnaC-ATPase-Proteins und sechs ATP-Molekülen vor (Wickner und Hurwitz, 1975; Lanka and Schuster, 1983). Die Initiierung der DNA-Replikation am oriC beginnt mit der Bindung mehrerer Moleküle des bakteriellen DnaA-Initiatorproteins an 9-bp-Wiederholungen (DnaA-Boxen). Diese Bindung fördert die Destabilisierung benachbarter AT-reicher Sequenzen, was zur Auflösung der DNA-Doppelhelix und zur Bildung eines offenen Komplexes führt .
Ich habe in DNA Replication von Arthur Kornberg, Tania A. Baker (die Autoren, die diesen Begriff wahrscheinlich geprägt haben), Google und Google.Scholar nachgeschlagen, bin aber auf keine Definition gestoßen.
Was ist das eigentlich?
Der Satz selbst ist eigentlich die Definition des offenen Komplexes : Es ist die Struktur, die entsteht, wenn die DNA-Doppelhelix aufgrund der DnaA-Proteine abgewickelt wird.
Diese Bindung fördert die Destabilisierung benachbarter AT-reicher Sequenzen, was zu einem Aufwickeln der DNA-Doppelhelix und der Bildung eines offenen Komplexes führt.
Ich habe auch ein von Arthur Kornberg selbst mitverfasstes Papier gefunden, in dem die Autoren auch selbst "offenen Komplex" definieren:
Drei Tandem-Wiederholungen eines 13-mers in der AT-reichen Region sind für den einzigartigen Replikationsursprung von E. coli und entfernt verwandten Enterobacteriaceae wesentlich. Diese iterierten Sequenzen werden durch Deletionsanalyse und Empfindlichkeit gegenüber Endonukleasen als die Stelle für die anfängliche Doppelstrangöffnung durch das Initiator-dnaA-Protein identifiziert. Dieser „offene Komplex“ benötigt zur optimalen Bildung und Stabilität 38 % ATP.
Es gibt mehrere Papiere b, c , die "offene Komplexe" auf die gleiche Weise verwenden.
Verweise:
a David Bramhill, Arthur Kornberg, Duplex opening by dnaA protein at novel sequences in initiation of replication at the origin of the E. coli chromosome, Cell, Band 52, Ausgabe 5, 1988, Seiten 743–755, ISSN 0092–8674, http ://dx.doi.org/10.1016/0092-8674(88)90412-6 . ( http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0092867488904126 )
b Ozaki, Shogo, et al. "Ein gemeinsamer Mechanismus für die ATP-DnaA-abhängige Bildung offener Komplexe am Replikationsursprung." Zeitschrift für Biologische Chemie 283.13 (2008): 8351-8362. ( http://www.jbc.org/content/283/13/8351.full )
c Mukhopadhyay, Gauranga, et al. "Offene Komplexbildung durch den Wirtsinitiator DnaA am Ursprung der P1-Plasmidreplikation." Das EMBO-Journal 12.12 (1993): 4547. ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC413885/ )
Ein offener Komplex ist der Komplex aus RNA-Polymerase und einem DNA-Strang ( Antisense-Strang ). Während geschlossener Strang bedeutet, dass RNA-Polymerase an beide Stränge der DNA gebunden ist.
Verfahren : RNA-Polymerase erzeugt zuerst den geschlossenen Komplex.
Dann entsteht ein offener Komplex , wenn die doppelsträngige DNA in zwei Stränge getrennt wird.
Tyto alba