Ich weiß nicht, ob dies in neueren Forschungen hervorgehoben wurde, aber in einem Lehrbuch, das ich besitze, heißt es, dass "die genaue Art und Weise, wie die Promotorsequenz die [Transkriptions-] Initiation beeinflusst, unklar ist".
Ich frage mich, ob jemand Quellen für weitere Informationen vorschlagen kann oder ob er vielleicht neuere Forschungsarbeiten gesehen hat, in denen die Eigenschaften hervorgehoben werden, die solche Unterschiede zwischen starken und schwächsten Promotoren verursachen?
Ich habe versucht zu recherchieren, aber die ältere Forschung ist eher beschreibend als mechanistisch und die Suchbegriffe sind ziemlich allgegenwärtig, so dass es schwierig ist, mehr zu diesem speziellen Punkt zu finden.
Ich stimme zu, dass es schwierig ist, nach Papieren zu suchen, aber aus den Kursen für Hochschulabsolventen sind dies einige der zusätzlichen Erkenntnisse, die ich gewonnen habe. Der Sequenzkontext von Promotoren ist wichtig. Spezifische DNA-Sequenzen (Motive) können als Bindungsstellen für spezifische Transkriptionsfaktoren wirken, und Kombinationen dieser Transkriptionsfaktoren helfen, RNA pol II an den Promotor zu rekrutieren. Diese Kombinationen von Proteinen sind räumlich und zeitlich reguliert und helfen bei der Entscheidung, ob das Gen, das sich neben dem Promotor befindet, aktiviert wird. Ein Luciferase-Reporter-Assay wird häufig verwendet, um die Stärke eines Promotors zu bestimmen.
Ein Beispiel ist wie folgt: Ein starker Promotor könnte bestimmte Histonmarkierungen aufweisen, die Proteine rekrutieren würden, um das Chromatin so umzugestalten, dass es zugänglicher wird, wodurch Bindungsstellen von Transkriptionsfaktoren freigelegt werden, die bei der Rekrutierung von RNA Pol II helfen. Ein schwächerer Promotor könnte weniger Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen oder weniger Chromatin-Zugänglichkeit haben und somit ist es schwieriger für RNA Pol II, rekrutiert zu werden. Es gibt auch einige kinetische Aspekte, die Sie beachten müssen.
In Anlehnung an das bereits Erwähnte: Die DNA-Sequenz wirkt sich direkt auf die Fähigkeit aus, Sigma-Faktoren zu binden ( http://en.wikipedia.org/wiki/Sigma_factor ). Sequenz --> Bindung --> wie oft Sigmas binden und wie lange sie binden --> Initiierung der Transkription