Webtool zum Design von Leit-RNA (gRNA) zur Verwendung mit CRISPR-AsCpf1?

Meine Ziele sind die Verwendung eines kostenlosen Webtools, um:

  1. Identifizieren Sie Leit-RNAs (Direct-Repeat-Sequenz, gefolgt von der Targeting-Sequenz), die für die Verwendung mit AsCpf1 geeignet sind , um auf ein bestimmtes Segment der genomischen DNA abzuzielen .
  2. Schätzen Sie die Effizienz und Spezifität der Verwendung der vom Tool identifizierten Leit-RNAs.

Als ich dies mit dem CRISPOR-Tool versuchte , kam der „Auftragsstatus“ leider nie über das „Warten“-Stadium hinaus, selbst nach 10 Minuten. Im Anhang ist ein Screenshot, um zu zeigen, was ich sehe.

Insbesondere habe ich die folgenden Einstellungen in meiner Abfrage verwendet:

Ich habe meine Sequenz benannt:

Mm Acaca block2von der BLAT-Ausrichtung

In "Schritt 1" habe ich diese Sequenz eingereicht:

aactaaatct ccagcatctc catccccttc ttaggtttat ttattttatg ggtatgagtg  
tatgtccgtg caccacatgt gtgcctggtg tctaccaagg taagtagagg tatacaaacc  
cttggaattg aattatccac catgccgtca ggtgctggga gcaaattcag gtcctctttt  
agagcagcaa gtatttccag ccacttagtc acctctgcag ccccttattt tcacagtctt  
gagacaagaa tctcactctt tagcccatat tggcctggaa ctttaggcag tcctgccgga  
gtttcagact gctgggatga caggcctgac ccattacgtc cactaaggat ggtttccttt  
cctgtgagct agcagcatgt agactccaca aggctcctgg ggaagtgttg ttatagtatg  
ttatagtata gttgcgaaag gaaggttttc agaagatatg ggtattacga agaaattcta  
tgtaaagttt cttttggatt ctctgtttgt atAGATCCAG CATGTCTGGC TTGCACCTAG  
TAAAACAAGG TCGAGACAGA AAGAAAATAG ACTCACAACG AGATTTCACT GTGGCTTCTC  
CAGCAGAATT TGTTACTCGT TTTGGGGGAA ATAAAGTAAT TGAGAAGgta agttaaactt  
actaaactat ttcgcttgaa gtatgtgaga tttcatgcct agatttgttg tttctgttca  
aaaggatatt taggttttta gggactttgc ctttttatgc agggctatcc tttctgtctc  
cctagcatgt tactaataca taatctcact gtgtacctgt gtttttacat 

In "Schritt 2" habe ich ausgewählt:

Mus musculus- Mouse- UCSC Dec. 2011 (GRCm38/mm10)...

In "Schritt 3" habe ich ausgewählt:

TTTN-23bp - Cpf1 Acidaminococcus / Lachnospiracea

Meine Fragen lauten wie folgt:

  1. Sollte ich etwas anders machen, um das CRISPOR-Tool für meine Ziele zu verwenden?
  2. Stehen mir andere kostenlose Webtools zur Verfügung, um die oben genannten Ziele zu erreichen?

UPDATE : Ich habe den Leuten von CRISPOR eine E-Mail geschickt, und sie haben mir mitgeteilt, dass die Website nicht verfügbar war, aber sie haben sie seitdem neu gestartet. Hoffentlich reicht ihr Neustart aus, aber ich werde meine Frage offen lassen, in der Hoffnung, dass andere mich auf weitere Webtools hinweisen können.

Crispr-Technologie. ist sehr cool. Haben Sie sich gefragt, ob es Ihnen etwas ausmachen würde, die Technologie und Ihren oben beschriebenen Prozess ein wenig zu erklären?

Antworten (1)

Die meisten Online-Tools helfen Ihnen nur beim Entwerfen von gRNAs für Cas9, weil es das am häufigsten verwendete ist. Ich habe eine Online-Suite namens RGEN-Tools gefunden , die auch eine Option für AsCpf1 hat.

Wenn Sie es jedoch nicht zufriedenstellend finden, schlage ich vor, dass Sie Ihre gRNA entweder manuell entwerfen oder Ihr eigenes Skript schreiben (das nicht so komplex sein wird).