Meine Ziele sind die Verwendung eines kostenlosen Webtools, um:
Als ich dies mit dem CRISPOR-Tool versuchte , kam der „Auftragsstatus“ leider nie über das „Warten“-Stadium hinaus, selbst nach 10 Minuten. Im Anhang ist ein Screenshot, um zu zeigen, was ich sehe.
Insbesondere habe ich die folgenden Einstellungen in meiner Abfrage verwendet:
Ich habe meine Sequenz benannt:
Mm Acaca block2
von der BLAT-Ausrichtung
In "Schritt 1" habe ich diese Sequenz eingereicht:
aactaaatct ccagcatctc catccccttc ttaggtttat ttattttatg ggtatgagtg
tatgtccgtg caccacatgt gtgcctggtg tctaccaagg taagtagagg tatacaaacc
cttggaattg aattatccac catgccgtca ggtgctggga gcaaattcag gtcctctttt
agagcagcaa gtatttccag ccacttagtc acctctgcag ccccttattt tcacagtctt
gagacaagaa tctcactctt tagcccatat tggcctggaa ctttaggcag tcctgccgga
gtttcagact gctgggatga caggcctgac ccattacgtc cactaaggat ggtttccttt
cctgtgagct agcagcatgt agactccaca aggctcctgg ggaagtgttg ttatagtatg
ttatagtata gttgcgaaag gaaggttttc agaagatatg ggtattacga agaaattcta
tgtaaagttt cttttggatt ctctgtttgt atAGATCCAG CATGTCTGGC TTGCACCTAG
TAAAACAAGG TCGAGACAGA AAGAAAATAG ACTCACAACG AGATTTCACT GTGGCTTCTC
CAGCAGAATT TGTTACTCGT TTTGGGGGAA ATAAAGTAAT TGAGAAGgta agttaaactt
actaaactat ttcgcttgaa gtatgtgaga tttcatgcct agatttgttg tttctgttca
aaaggatatt taggttttta gggactttgc ctttttatgc agggctatcc tttctgtctc
cctagcatgt tactaataca taatctcact gtgtacctgt gtttttacat
In "Schritt 2" habe ich ausgewählt:
Mus musculus- Mouse- UCSC Dec. 2011 (GRCm38/mm10)...
In "Schritt 3" habe ich ausgewählt:
TTTN-23bp - Cpf1 Acidaminococcus / Lachnospiracea
Meine Fragen lauten wie folgt:
UPDATE : Ich habe den Leuten von CRISPOR eine E-Mail geschickt, und sie haben mir mitgeteilt, dass die Website nicht verfügbar war, aber sie haben sie seitdem neu gestartet. Hoffentlich reicht ihr Neustart aus, aber ich werde meine Frage offen lassen, in der Hoffnung, dass andere mich auf weitere Webtools hinweisen können.
Die meisten Online-Tools helfen Ihnen nur beim Entwerfen von gRNAs für Cas9, weil es das am häufigsten verwendete ist. Ich habe eine Online-Suite namens RGEN-Tools gefunden , die auch eine Option für AsCpf1 hat.
Wenn Sie es jedoch nicht zufriedenstellend finden, schlage ich vor, dass Sie Ihre gRNA entweder manuell entwerfen oder Ihr eigenes Skript schreiben (das nicht so komplex sein wird).
Benutzer7875084