Es gibt viele Hydrophobie-Skalen für die Proteinanalyse.
Im Großen und Ganzen nehme ich an, dass die Unterschiede zwischen ihnen von der experimentellen Methode zum Erfassen der Daten und der Normalisierung (oder dem Fehlen einer solchen) der Daten herrühren.
Um Transmembransegmente nachzuweisen/vorherzusagen, besteht ein Verfahren darin, ein Fenster von 19–20 dieser Restskalen zu verwenden, um einen Bereich mit Hydrophobizität über einem Schwellenwert nachzuweisen. Die Eisenberg et al. scale wird zum Beispiel von Uniprot verwendet .
Uniprot scheint ihre Entscheidung für die Verwendung des Eisenberg et al. Skala.
Warum könnte man bei der Vorhersage von Transmembransegmenten eine bestimmte Skala gegenüber einer anderen verwenden?
Dies wurde von einigen meiner Laborkollegen in Warum ist die biologische Hydrophobizitätsskala genauer als frühere experimentelle Hydrophobizitätsskalen? Ich bin nicht an ihrer Forschung beteiligt, aber hier ist der Kern des Papiers:
Unterschiedliche Skalen werden, wie Sie sagen, nach unterschiedlichen Kriterien entwickelt. Insbesondere die Eisenberg-Skala ist eine der Konsensskalen, die hoffentlich mindestens so gut ist wie alle ihre Komponenten. Es wurde angenommen, dass es keine großen Leistungsunterschiede zwischen den Waagen gab. Dies könnte der Grund sein, warum Uniprot die Wahl der Skala nicht spezifiziert: Damals spielte es keine große Rolle. Eine Studie aus dem Jahr 2009 zeigte, dass die neue UHS-Skala tatsächlich besser war als andere.
Die Ergebnisse des Benchmarks zeigen, dass die Unterschiede tatsächlich nicht so groß sind: ungefähr im Unterschied in der Vorhersagegenauigkeit. Der Gesamtsieger? Hessa , Treffer über dem Durchschnitt der Skalen, aber dicht gefolgt von UHS, PM1D und PM3D. Eisenbergs Leistung ist übrigens durchschnittlich.
Schlussbemerkung: Sie fanden heraus, dass eine nahezu optimale Fenstergröße für alle Skalen 21 mit doppelter Gewichtung im mittleren Drittel war.
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