Wie sequenziert man ein Baumgenom? [geschlossen]

Ich schreibe einen Förderantrag, und ein Teil der Forschung wird die Sequenzierung und den Vergleich von DNA von Bäumen in Amerika und Japan umfassen. Wie analysiert man das Genom eines Baumes und vergleicht es mit einem Artgenossen?

Wie unterscheidet sich das von der Sequenzierung von Tiergenomen?
Ich weiß nicht. Ist es anders?
Versuchen Sie, das gesamte Genom zu sequenzieren oder nur Teile davon? Dieses Übersichtspapier kann Ihnen beim Einstieg helfen, insbesondere der Teil mit dem Titel „How do We Sequence“ ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1456863
Es scheint, als hättest du nicht alleine gelernt, was normalerweise der erste Schritt ist. Die Genomsequenzierung ist heutzutage ziemlich üblich, und es sind viele Informationen verfügbar. Beginnen Sie vielleicht mit einfachem Googeln "Wie man Genom sequenziert". Wenn Sie Arbeiten einbeziehen, von denen Sie nicht wissen, wie sie ausgeführt werden sollen, sollten Sie vielleicht die Zusammenarbeit mit Genomik-Leuten suchen
Ich stimme aaaaaa zu - wenn für ein Stipendium das Niveau dieser Frage darauf hinweist, dass Sie viel mehr Literatur lesen müssen, als Sie anscheinend getan haben. (Andernfalls verschwenden Sie nur die Zeit des Bewilligungsausschusses.) Beispielsweise findet eine schnelle Suche eine Liste sequenzierter Pflanzengenome – Sie können von den Referenzen dort ausgehen, um zu sehen, wie sie es gemacht haben. -- Das heißt, Sie suchen wahrscheinlich eher nach "Genotypisierung" als nach "Gesamtgenomsequenzierung". Wenn Sie im Internet nach "Genotypisierungsbäumen" suchen, werden eine Reihe von Artikeln angezeigt, mit denen Sie beginnen können.

Antworten (1)

In Zeitschriftenartikeln führen sie jedes Jahr viele Studien durch, in denen die modernsten Werkzeuge und Verfahren zur Sequenzierung von Pflanzengenomen beschrieben werden.

Wenn Sie 5 Minuten lang recherchieren, haben Sie Ergebnisse dieser Art:

http://www.pnas.org/content/95/16/9693.full

Die Protokolle umfassten kommerziell erhältliche Kits (z. B. Qiagens RNeasy Plant Minikit), nichtkommerzielle Laborprotokolle für die RNA-Extraktion (z. B. CTAB, Säurephenol) und Hybridmethoden, die Komponenten sowohl kommerzieller Kits als auch Laborprotokolle kombinierten. Die detaillierten Protokolle, die für alle Isolierungen verwendet werden, sind online in Anhang S1 verfügbar. http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0050226

Gewebe- und Organproben für die Northern-Blot-Analyse von Genexpressionsmustern wurden während der Vegetationsperiode entnommen und in flüssigem Stickstoff eingefroren und dann bei –80 °C gelagert. Triebspitzenproben sind die letzten 1–2 cm des sukkulenten Stängelgewebes von sich verlängernden Zweigen und Endführern. Unreifes Xylem wurde mit einem Gemüseschäler von der Oberfläche verholzter Stämme nach Entfernung der Rinde geerntet und umfasst Zellen mit primären Zellwänden, die von der Kambialzone bis zur Zone der radialen Zellexpansion stammen. Unreife Xylem-RNAs aus Kompressionsholz und Seitenholz wurden zur Herstellung der Bibliotheken verwendet, während vertikales unreifes Xylem Proben bezeichnet, die aus Stängeln von vertikal wachsenden Kontrollbäumen entnommen wurden. Das als „Phloem“ bezeichnete Gewebe wurde von der inneren Oberfläche der Rinde vertikaler Stängel gesammelt und umfasst eigentlich Periderm und andere Gewebe sowie aktives Phloem. Planzen wurden von der Oberfläche vertikaler holziger Stängel mit einem Holzhobel gesammelt, nachdem unreifes Xylem geerntet wurde, und umfasst Zellen, die sekundäre Zellwände gebildet haben, die stark genug sind, um dem Ernten durch den Gemüseschäler zu widerstehen. Nadelproben waren teilweise expandierte juvenile Nadeln.

Hier sind einige weitere Texte, die Sie überprüfen können

http://www.pnas.org/content/106/31/12794.full

https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2148-7-214

Vom_Feld_zum_Film_Rapid_sequencing_methods_for_field-collected_plant_species

Ich brauchte 5 Minuten, um diese Informationen zu finden, indem ich Artikel nach suchte

Methoden der Pflanzensequenzierung

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