Ich arbeite an einem Tool zum SNP-Calling in polyploiden Pflanzen. Um meine Methode zu testen, brauche ich eine Liste von Haushaltsgenen, die in fast allen Pflanzen vorkommen. In meinem Fall müssen diese Gene in Einzelkopie vorliegen (dh jedes HK-Gen sollte keine Paralogs haben).
Kurz gesagt brauche ich eine Liste von Genen, die sind:
Jede Hilfe ist willkommen.
Einfach aus der Hüfte fliegen: Filteransatz: Wenn es eine Datenquelle gibt, die die Expressionsdaten für Zellen in mehreren Geweben für einen beliebigen Organismus enthält, würde ich diese verwenden, um die Haushaltsgene zu finden, indem ich sortiere, welche Gene in der größten Anzahl von Zellen exprimiert werden ( Denken Sie an Excel oder XML). Als nächstes würde ich prüfen, welche dieser Gene auch in/ähnlich dem jeweiligen Gen (ich nenne es Homolog) in den Pflanzen gefunden werden (mittels Genom-Browser, zB ensembl und blast oder einfach nachschauen und auf den Button klicken, um es zu bringen Sie zum Pflanzengenom). Wenn Ihr Modellorganismus kein sequenziertes Genom hat ... besorgen Sie sich Primer und sehen Sie, ob Sie es selbst sequenzieren können, um zu sehen, ob es da ist. Überprüfen Sie dann, ob es sich um eine einzelne Kopie handelt. Das Schwierigste ist, eine Expressomdatenbank zu finden, die mehrere Gewebe in einem Organismus umfasst, um Haushaltsgene zu finden – und dann zu hoffen, dass sie in der Pflanze konserviert werden. Alternativ können Sie Literatur konsultieren, um Haushaltsgene zu finden.
Sie wollten wahrscheinlich nur eine Auflistung der Gene ... Entschuldigung.
Das Folgende ist wahrscheinlich ein gutes Set, es ist für Arabidopsis, Sie müssen prüfen, ob es Ihren Bedürfnissen entspricht.
CBP20-Gen Genlocus: At5g44200
Actin-2-Gen Genlocus: At3g18780
UBC-Gen Genlocus: At5g25760
SIGMA verkauft hierfür Primer-Sets: http://www.sigmaaldrich.com/life-science/molecular-biology/plant-biotechnology/plant-molecular-biology/control-primers-for-arabidopsis.html
Es gibt keine einzelne Antwort für ein Gen. Das Richtigste ist, eine Reihe von Genen über viele Locus hinweg zu verwenden und zuerst die Korrelation der Kopienzahl über sie hinweg zu messen und nur diejenigen zu verwenden, die als Einzelkopienzahl als Maß für "eine Kopie" co-segregieren.
Dies ist der gleiche Ansatz, der für qPCR verwendet wird und die Grundlage des weit verbreiteten geNorm- Algorithmus ist (11.000 Zitate). Während bei der qRT-PCR die „Stabilität“ einer Genexpression über mRNA mit unterschiedlicher Stöchiometrie verglichen wird, schränken Sie in Ihrem Fall nur weiter ein, dass die Gene eine stabile Stöchiometrie aufweisen sollten.
Wenn ich dies entwerfen würde, würde ich denselben Satz von Genen verwenden, die in den beiden oben genannten Veröffentlichungen als „Haushälterinnen“ definiert sind, und Geschlechtschromosomen vermeiden.
ein weiterer 'Homo sapien'
CKM