Gene werden auf eQTL/pQTL abgebildet

Von den 192 Zielgenen kartieren 79 bei mindestens einer Ernährungsumstellung auf einem signifikanten eQTL oder pQTL.

ist die Linie für ein Papier " Multilayered Genetic and Omics Dissection of Mitochondrial Activity in a Mouse Reference Population "

Soweit ich weiß, ist ein eQTL ein SNP (bestimmter Genotyp), der die Genexpression beeinflusst. Wie kann ich dann ein Gen einem eQTL zuordnen? Ein Gen ist eine Sequenz auf einem Referenzgenom. Genotypen eines bestimmten Gens sind nur Variationen der Sequenz dieses bestimmten Gens. Ein Gen selbst kann also kein eQTL sein, ein bestimmter Genotyp (mit einer Variation) kann es sein, richtig?

Wie kann es also möglich sein, dass ein Gen (z. B. GENE22, Position: 10-100) in einem Ernährungszustand auf eQTL (SNP in GENE22, Position: 12) abgebildet wird, aber in einem anderen Ernährungszustand nicht auf eQTL abgebildet wird, wenn wir sprechen immer noch vom gleichen Gen und vom gleichen Ort eines eQTL? Ich bin mir also nicht ganz sicher, was sie bedeuten oder was sie dort abgebildet haben.

Das QTL ist ein Ort, an dem die Gene/Marker mit einem Phänotyp korreliert wurden. Es kann Marker wie SNPs enthalten, aber sie sind selbst keine SNPs. Ein Gen kann Teil eines QTL sein, aber das QTL selbst besteht aus einer Reihe von Markern!
"aber sie sind keine SNPs an sich." Es gibt Studien, die Listen von eQTLs als SNPs haben. "Ein Gen kann Teil eines QTL sein, aber das QTL selbst besteht aus einer Reihe von Herstellern". Sie möchten also sagen, dass sie eine Liste von eQTLs und pQTLs hatten und nur nachgesehen haben, in welchen Genen sie sich befinden, richtig? Es macht für mich keinen Sinn, weil sie sich auf Ernährungsbedingungen beziehen und wenn nur auf den Standort geachtet wird, sollte es keine Unterschiede in den Bedingungen geben, da der Standort immer gleich ist.

Antworten (1)

Sie nehmen eine Liste von SNPs und eine Liste von Genexpressionswerten und stecken sie in etwa so ein: http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/

Wie kann es also möglich sein, dass ein Gen (z. B. GENE22, Position: 10-100) in einem Ernährungszustand auf eQTL (SNP in GENE22, Position: 12) abgebildet wird, aber in einem anderen Ernährungszustand nicht auf eQTL abgebildet wird, wenn wir sprechen immer noch vom gleichen Gen und vom gleichen Ort eines eQTL? Ich bin mir also nicht ganz sicher, was sie bedeuten oder was sie dort abgebildet haben.

Der SNP ist mit Änderungen des Expressionsniveaus in diesem Gen für einen Ernährungszustand verbunden, aber derselbe SNP ist nicht mit Änderungen des Expressionsniveaus bei einem anderen Ernährungszustand verbunden. Es ist möglich, dass das SNP nie in Proben aus anderen Ernährungszuständen vorkommt.

Ich habe meine Frage bearbeitet.
Der richtige Weg wäre also zu sagen: "Marker innerhalb von 79 Genen kartieren auf eine signifikante ...." , richtig?
Ich bin mir nicht sicher, welche Formulierung signifikant ist, meine Vermutung wäre so etwas wie: "Wir finden X signifikante eQTLs, wenn wir Y-Gene und Z snps testen."
Gene werden auf eQTL/pQTL abgebildet
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