Wie viel Zeit brauchen die unterschiedlichen Mechanismen der Genregulation, um zu wirken?

Ich denke an die wichtigsten Regulationsmechanismen, wie allgemeine Transkriptionsfaktoren , Aktivatoren , Repressoren und RNA-Interferenz .

Wenn nicht aktive Regulatorgene, die jeden der verschiedenen Mechanismen nutzen, aktiviert würden, wie groß wäre die Verzögerung (im Durchschnitt) zwischen der Aktivierung jedes dieser Gene und ihrer nachgelagerten regulatorischen Wirkung?

Ich habe keine Antwort für Sie, aber die Leute sagen oft ungenau, dass diese Art der Regulierung in der Größenordnung von vielen Minuten bis Stunden stattfindet, und das kann angesichts der variablen Kinetik eines bestimmten Weges so genau sein, wie Sie es bekommen können. Ich werde jedoch Folgendes sagen: Die Kinetik des Knockdowns in RNAi könnte weitgehend von der Abbaurate des Proteins abhängen (die SEHR variabel ist). Selbst wenn Sie die mRNA entfernen, ist das Protein immer noch da, bis es abgebaut wird. Wenn es normalerweise schnell abgebaut wird, ist die Kinetik des mRNA-Abbaus limitierend. Wenn es langsam ist, müssen Sie auf das Protein warten.
Außerdem benötigen alle Gene in Eukaryoten allgemeine Transkriptionsfaktoren, aber im Grunde alle erfordern sie auch Aktivatoren, um zuerst die GTFs und histonmodifizierenden Komponenten zu rekrutieren (die es GTFs und ihrer Freundin RNA-Polymerase ermöglichen, auf Gene zuzugreifen). Sie sind den Aktivatoren also wirklich nachgeschaltet, und ihre Rekrutierung ist Teil dessen, was zur Kinetik beiträgt.

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Die Leute sagen oft ungenau, dass diese Art der Regulation in der Größenordnung von vielen Minuten bis Stunden stattfindet, und das kann angesichts der variablen Kinetik eines bestimmten Signalwegs so genau sein, wie Sie es nur bekommen können.

Außerdem benötigen alle Gene in Eukaryoten allgemeine Transkriptionsfaktoren, aber im Grunde alle erfordern sie auch Aktivatoren, um zuerst die GTFs und histonmodifizierenden Komponenten zu rekrutieren (die es GTFs und ihrer Freundin RNA-Polymerase ermöglichen, auf Gene zuzugreifen). Sie sind also im Allgemeinen Aktivatoren nachgeschaltet, und ihre Rekrutierung ist Teil dessen, was zur Kinetik in Euakryoten beiträgt.

Bei RNAi könnte die Kinetik des Knockdowns in RNAi weitgehend von der Abbaurate des Proteins abhängen (die SEHR variabel ist). Selbst wenn Sie die mRNA entfernen, ist das Protein immer noch da, bis es abgebaut wird. Wenn es normalerweise schnell abgebaut wird, ist die Kinetik des mRNA-Abbaus limitierend. Wenn es langsam ist, müssen Sie warten, bis das Protein durch seine natürlichen Mechanismen abgebaut wird ( https://en.wikipedia.org/wiki/Proteasome ).

Sigma sagt, dass RNAi-Effekte in etwa 24 Stunden sichtbar sind

http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/learning-center/mission-sup-reg0/experimental-design0.html#s3

Thermo impliziert etwas Ähnliches, indem er sagt, dass RNAi-Effekte 5-7 Tage nach der Transfektion sichtbar sind (dh sie implizieren, dass sie nach einem Tag sichtbar sind).

https://www.thermofisher.com/ca/en/home/references/ambion-tech-support/rnai-sirna/tech-notes/duration-of-sirna-duced-silencing.html