Wie könnte ich eine solche Nukleinsäuresequenz nennen? Eine Art palindromische Sequenz? Gibt es einen Begriff namens Spiegelwiederholung?

5'... ATGCC|CCGTA ...3'

3'... TACGG|GGCAT ...5'

oder sagen

5'... AAGT|TGAA ...3'

3'... TTCA|ACTT ...5'

oder verallgemeinert; auf jedem Strang;

ABCDEF|FEDCBA

Gibt es eine Terminologie für eine solche Wiederholung? Eine Art palindromische Sequenz? Eine Art umgekehrte Wiederholung? oder Spiegelwiederholung? Gibt es sie wirklich in der Natur? (Ich konnte noch keine hilfreiche Antwort im Internet finden, einschließlich Wikipedia.)

AKTUALISIEREN

Ich habe diese Frage gestellt, weil der Begriff "palindromische Sequenz" nicht der Situation in OP entspricht , aber "palindromische Sequenz" so ist :

5'... A TGCTTTC |GAAAGCAT ...3'

3'... TACGAAAG| CTTTCGT A ...5'

oder allgemein;

5'... ABCDEF | MNPQRS ...3'

3'... SRQPNM | FEDCBA ...5'

Wo auf einem Einzelstrang keine Symmetrie besteht, wenn (3'---> 5') und (5' ---> 3') gelesen werden.

ABER ich sage das nicht so. Ich spreche von einer Situation, in der in jedem einzelnen Strang beim Lesen (3'---> 5') oder (5' ---> 3') eine Reflexionssymmetrie vorhanden ist.

mögen

5'... ABC DEF | FED CBA ...3'

3'... SRQPNM | MNPQRS ...5'

Aus keinem Blickwinkel ist es eine palindromische Sequenz, da die Symmetrie nicht zwischen 2 gegenüberliegenden Strängen besteht.

Diese Frage kam mir in den Sinn, als ich zum ersten Mal etwas über die Palindromsequenz gelehrt hatte. Ich konnte es nicht "buchstäblich" mit verbalen Palindromen wie "AND MADAM DNA" abgleichen. Eher sah es für mich aus wie

ICH ESSE KUCHEN

EKAC TAE I

Also dachte ich, ob es wirklich eine Sequenz wie "AND MADAM DNA" gibt ... was auch immer, ob es dafür eine Terminologie gibt oder nicht.

Eine andere Q / A-Site erwähnt einen Begriff "Spiegelwiederholung" mit genau derselben Situation wie OP, gab jedoch keinen Hinweis und keine weitere biologische Bedeutung.

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein http://www.answers.com/Q/Mirror_repeats_in_DNA

Die neueste Überarbeitung von Wikipedia erwähnt auch einen Begriff Spiegelwiederholung und umgestülpte Wiederholung , aber es wird keine weitere Erklärung und kein Hyperlink gegeben.

Ein weiteres Ergebnis der Google-Suche.

https://s3.amazonaws.com/classconnection/27/flashcards/2952027/jpg/mirror_repeat-14FB21C6EBF540D2120.jpgURL: https://s3.amazonaws.com/classconnection/27/flashcards/2952027/jpg/mirror_repeat-14FB21C6EBF540D2120.jpg

Ich habe einige Links im Internet gefunden, aber einige beziehen sich auf andere Themen, die auf DNA-Symmetrien basieren, und einige (die eine direkte Definition oder Terminologie geben) enthalten zu wenig Informationen und keine Referenz, wie diese: answers.com/Q/Mirror_repeats_in_DNA
Ich wundere mich, dass so viele Websites den Begriff "Spiegelwiederholung" genau in der gleichen Bedeutung verwendet haben, wie ich gefragt habe !!!! aber keiner erreicht den Ursprung des Begriffs. quizlet.com/11685525/chapter-8-slides-flash-cards , o.quizlet.com/o4SEbpAdTIwyIgNv6uLjMA_m.jpg fig 8-18 , studyblue.com/notes/note/n/nucleotides-and-nucleic-acids/deck/ … , (nicht leicht zugänglich) s3.amazonaws.com/classconnection/27/flashcards/2952027/jpg/… (Ergebnis der Google-Bildersuche)
Ein weiterer aus der Google-Suche: slideplayer.com/slide/5171943 . Seite 54/65. URL: images.slideplayer.com/16/5171943/slides/slide_54.jpg
Das letzte angehängte Bild (aus den Google-Bildergebnissen) hat mir weiter geholfen, da es im Internet viele Artikel über "Hoogsteen-Struktur" gibt. Hier ist eine. ase.tufts.edu/biology/labs/mirkin/documents/…
„Eine verwandte Anordnung ist die Spiegelwiederholung, bei der die invertierte Wiederholungssequenz nicht palindromisch ist. Diese Sequenzen spielen eine wichtige Rolle, indem sie die Proteinsynthese durch das Ribosom zeigen oder blockieren – ein Prozess, der als Transkriptionsabschwächung bezeichnet wird (siehe Kapitel 18) – oder Erkennungsstellen für die Restriktion bilden Enzyme" books.google.co.in/…

Antworten (3)

Ich denke, die Situation, die Sie gezeigt haben, sollte als spiegelverkehrte Wiederholungen bezeichnet werden : Meines Wissens kommen sie sehr selten vor, und ich habe nur Referenzen in diesem und diesem Artikel gefunden, obwohl keine grafische Erklärung gegeben wird.

Nein? Ich fand sie nicht gleich.
siehe bitte mein Update
Tut mir leid, habe gerade meine Antwort aktualisiert.
Keine Sorge, Muster sind immer knifflig, und fast die gesamte Biologie dreht sich um Muster.
@ Roberto Die von Ihnen angegebenen Links waren nicht hilfreich, da der erste ( microbiologyresearch.org/error/… ) zeigt, dass die Seite nicht existiert, und der zweite ( sciencedirect.com/science/article/pii/S0923250899001163?np=y ) sagt zu kaufen (derzeit ist das leider nicht möglich) und seine Vorschau enthält kein Diagramm, also könnten Sie einige Diagramme usw. aus diesen Artikeln bereitstellen, ich wäre Ihnen dankbar
Nein. Der zweite Artikel ist nicht frei zugänglich.
Ich habe Sie wissen lassen, dass der zweite Artikel kein freier Zugang ist.
@ Roberto Preste Da der Teil Ihrer Antwort vor dem Update nicht korrekt ist, wenn Sie diesen Teil freundlicherweise ändern; Ich werde diese Antwort akzeptieren.

Der Begriff:

'umgekehrte Tandemwiederholung '

wurde von einigen Autoren verwendet, aber die Google-Suchmaschine findet nur 28 Instanzen, von denen nicht mehr als 20 einzigartig sind.

Etwa dreimal so viele Treffer gibt es für:

'umgekehrte Tandemduplikation '

was im vorliegenden Fall ein genauerer Begriff wäre.

An denjenigen, der den ursprünglichen Eintrag gemacht hat. Antworten in SE Biologie sollten als Antworten und nicht als rhetorische Fragen geschrieben und durch Beweise oder Argumente gestützt werden. Aus diesem Grund habe ich diese Antwort bearbeitet und dank der automatischen Vervollständigung von Google einen gebräuchlicheren Begriff entdeckt.

Als Beispiel für biologische Symmetrie würde ich dies mit meiner Zunge in meiner Wange eine Fata Morgana nennen .

Mein Grund ist, dass aus struktureller Sicht eine Sequenz der Art, wie Sie sie darstellen, Folgendes ist:

5'... ATGCC|CCGTA ...3'
3'... TACGG|GGCAT ...5'

hat keine Spiegelbildsymmetrie . _ Dieser Mangel an Symmetrie ist auf die asymmetrische Natur der Phosphodiesterbindung zurückzuführen. Die 5' und 3' in Ihrem Diagramm veranschaulichen diese Tatsache deutlich (3' ist weder typografisch noch strukturell das Spiegelbild von 5'). Wenn Sie dies nicht befolgen, ziehen Sie jede Phosphodiesterbindung in den Sequenzhälften heraus. Die Basenordnung in der zweiten Hälfte kann die in der ersten Hälfte widerspiegeln, aber die Richtung der Phosphodiesterbindungen ist die gleiche.

Dies ist nicht nur Pedanterie, sondern erklärt, warum solche Strukturen in der Biologie anscheinend keine Bedeutung und daher keinen Namen haben (oder damit übereinstimmen). (Man gibt nur Dingen Namen, auf die man sich beziehen muss.) Man würde nicht erwarten, dass solche Strukturen häufig vorkommen, da sie nicht durch Duplikation (invertiert oder nicht) erzeugt werden können. Denjenigen, die zufällig auftreten, fehlt es an Symmetrie, und es ist nicht wahrscheinlicher, dass sie Proteine ​​​​binden als jede andere Sequenz (symmetrische DNA-Strukturen eignen sich anscheinend für die Proteinerkennung).

Ich kann mir vorstellen, dass man solche Strukturen im mathematischen Sinne beschreiben und ihnen einen Namen geben könnte, aber wenn das Ihre Frage ist, sollte sie in eine andere SE migriert werden.

Nein, nicht exakt im mathematischen Sinne ... sondern vielmehr das Auffinden biologischer Vorkommnisse. Ich kann nicht mit Sicherheit sagen, dass es keine biologische Bedeutung gibt ... ich habe in bestimmten Biochemie-Texten über eine solche Sequenz gelesen ... aber dann war ich in Eile ... Ich habe vergessen, das zu notieren. Später konnte ich mich nicht mehr erinnern, wo ich das gelesen hatte. Ich denke jedoch, dass es bei dieser Frage richtig um Biologie geht.
Danke ja, es geht nicht um Spiegelbild der Stereochemie. Es geht nur um die genetische Sequenz.
Wenn jemand etwas nicht weiß, wie kann er anfangen zu schlussfolgern wie "es hat keine Bedeutung", oder "off-topic" oder so. Ich stimme zu, ich weiß nicht, deshalb mache ich eine Frage. Aber wenn ein professioneller Benutzer etwas nicht weiß und sich dennoch beeilt, eine Aktion zu entscheiden ... wundert es mich wirklich. (für jeden Moderator geschrieben, nicht für einen bestimmten)
@AlwaysConfused — Du hast gefragt: „Existieren sie wirklich in der Natur?“ daher war ein Kommentar zu ihrer biologischen Bedeutung eine gültige Antwort. Es war kein Hinweis darauf, dass Ihre Frage unwichtig wäre. Ich hatte versucht, Ihre Frage aus biologischer Sicht zu beantworten, hielt es aber für möglich, dass Sie noch an den logischen Aspekten interessiert waren. Im letzteren Fall hielt ich es eher für wahrscheinlicher, dass Mathematiker oder Sprachinteressierte Ihre Frage eher beantworten können. Die Migration zu einer anderen SE-Gruppe bedeutet keine Ablehnung, sondern hilft Ihnen lediglich dabei, das geeignete Publikum zu finden.
Es ist in Ordnung, aber die Google-Suche zeigt mir viele Quellen, die über solche Sequenzen berichten, und sogar mit derselben Terminologie (obwohl keine von ihnen auf die richtige Quelle verweist). Sogar ein anderer Benutzer hat eine Antwort gepostet. Dann war eine Aussage "solche Strukturen scheinen in der Biologie keine Bedeutung zu haben und daher auch keinen Namen zu haben." ziemlich überraschend. Ich wollte die Frage in Biologie belassen, aber wenn Sie immer noch der Meinung sind, dass eine andere Website wie Mathematik oder Chemie eine bessere Antwort geben könnte, lassen Sie es mich wissen.
Wie könnte ich eine solche Nukleinsäuresequenz nennen? Eine Art palindromische Sequenz? Gibt es einen Begriff namens Spiegelwiederholung?
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