Unterscheidet sich „Computational Biology“ von „Bioinformatik“?

Ich fand diesen Beitrag von Russ Altman ganz gut. Unten ist seine Meinung zu den beiden ähnlichen, aber unterschiedlichen Feldern:

Computational Biology : Das Studium der Biologie unter Verwendung von Computertechniken. Das Ziel ist, neue Biologie zu lernen, Wissen über lebende Systeme. Es geht um Wissenschaft.

Bioinformatik : die Schaffung von Werkzeugen (Algorithmen, Datenbanken), die Probleme lösen. Ziel ist es, nützliche Werkzeuge zu bauen, die mit biologischen Daten arbeiten. Es geht um Technik.

Nur als Hinweis:

Dies ist nur die Meinung einer Person und ich habe viele andere Definitionen für diese beiden Begriffe gehört. Zum Beispiel erwähnte eine Person, die ich kenne, dass er glaubt, dass sich die Computerbiologie mit sehr theoretischer Forschung wie der NP-Härte befasst (dh Artikel, die im Journal of Computational Biology veröffentlicht wurden). Andere Leute denken, dass Bioinformatik ein angewandtes Feld ist, das im Wesentlichen bereits veröffentlichte Werkzeuge verwendet.

Ich denke, diese Frage ist hier ein Thema, obwohl Sie bei BioStars definitiv viele Antworten bekommen würden . Aber betrachten Sie dies aus dem Bioinformatik-Tag-Wiki auf dieser Website.

Bioinformatik ist ein weites Feld, das eine Vielzahl von Disziplinen der Lebenswissenschaften (Biologie, Genetik, Biochemie, Biophysik usw.) mit einer Vielzahl von quantitativen Wissenschaften (Mathematik, Statistik, Informatik, Ingenieurwissenschaften usw.) verbindet. Bioinformatik-Techniken umfassen typischerweise die Entwicklung und Anwendung von Software und Algorithmen auf rechenintensive biologische Fragestellungen, wie sie in der Strukturbiologie, Genomik, Sequenzanalyse und Systembiologie üblich sind.

Einige Wissenschaftler unterscheiden zwischen den Begriffen Bioinformatik und Computational Biology . Während diese Bereiche in der Tat breit und vielfältig sind, sind diese Unterscheidungen in Begriffen nicht konsistent oder klar definiert.

Ein typisches Beispiel: Die Antwort von @GWW zitiert zwei verschiedene Definitionen, während eine andere bereits als Antwort auf seine Antwort (als Kommentar) vorgeschlagen wurde. Weitere Definitionen werden sicherlich aus zusätzlichen Antworten, Kommentaren und Bearbeitungen stammen. Keine dieser Definitionen ist notwendigerweise falsch, aber ebenso ist keine „richtig“, da es keinen objektiven Weg gibt, um festzustellen, welche der Definitionen „besser“ als die anderen ist. Wenn Sie 5 Experten auf diesem Gebiet fragen würden, erhalten Sie wahrscheinlich 5 verschiedene Definitionen.

Computational Biology - beinhaltet normalerweise die Erstellung eines Modells (Software oder andere Logik), in dem Sie versuchen, einen biologischen Prozess zu beleuchten, indem Sie Informationsflüsse unter Verwendung bekannter Physik / Chemie / Biologie aufbauen --- (wie teilen sich Zellen? -> Bauen Sie eine Biomechanik auf Modell mitotischer Spindeln ...) --- Sie bauen Komplexität in Ihrem Modell auf, um die Biologie mit immer größerer Genauigkeit zu simulieren

Bioinformatik --> Biologie messen, dann Daten analysieren --- Biologie hat bereits die Komplexität --- Sie versuchen, diese Komplexität zu verstehen, indem Sie Muster in Messdaten identifizieren

Beide Bereiche treiben die Forschungsbemühungen voran, um bessere Sensoren zur Messung der biologischen Verarbeitung zu entwickeln

Ich denke, es gibt keine allgemeine Übereinstimmung darüber, was Computational Biology und was Bioinformatik ist , daher müssen die Antworten je nach Fachgebiet und Hintergrund der Person variieren. Lassen Sie mich einige Optionen auflisten:

Sie sind gleich
Es gibt guten Grund zu der Annahme, dass diese Begriffe austauschbar verwendet werden, insbesondere im akademischen Umfeld. Während die beiden Begriffe im Englischen nebeneinander existieren, existiert in einigen anderen Sprachen/Ländern nur einer von ihnen, der verwendet wird, um beide Bedeutungen zu vermitteln: Beispielsweise kann man im Französischen bioinformatique/bioinformaticien(ne) sagen , aber es gibt keine Übersetzung für Computerbiologie .

Computational Biology ist eine Methode, Bioinformatik ist ein Werkzeug
Einige Leute, die eher dazu neigen, die Zahlen der Sprache wörtlich zu nehmen, würden sagen, dass Computational Biology eine mathematische Herangehensweise an die Biologie ist, während Bioinformatik diese Berechnungen in einem Computer durchführt. Diesem Ansatz scheint es an Nuancen und breitem Wissen zu mangeln, aber er ist selbst unter Experten überraschend weit verbreitet.

In der Bioinformatik geht es um Sequenzierung
Wenn man einen Job außerhalb der Wissenschaft sucht, bedeutet Bioinformatiker in einer Stellenbeschreibung normalerweise jemanden, der Sequenzierungsdaten verarbeiten kann, dh trimmen, reinigen, Genome zusammenbauen/zuordnen, die differenzielle Expression berechnen usw. Biostatistiker beschreibt normalerweise jemanden am Versuchs-/Studiendesign und der anschließenden Datenverarbeitung beteiligt. Computational Biologist taucht gelegentlich als Begriff in Stellenbeschreibungen großer Forschungslabors auf, was bedeutet, dass die Stellenbeschreibung eher vage ist - dies sind normalerweise F&E-Jobs.

Dies sind zwei breite und sich überschneidende Wissensbereiche.
Wie ich eingangs erwähnt habe, würden Menschen, die in einem engen Bereich arbeiten, dazu neigen, die beiden Begriffe gleichzusetzen. Das Spektrum der mit der Biologie verwandten Computerdisziplinen ist jedoch sehr breit: Einige von ihnen sind natürlicher mit der Bioinformatik verbunden als die anderen. Die folgende Liste ist definitiv unvollständig, soll aber einen Eindruck vermitteln:

• Verarbeitung und Analyse von Sequenzdaten
• Protein- und RNA-Strukturmodellierung
• Biostatistik (Studiendesign, Analyse von Nicht-Sequenzdaten etc.)
• Populationsgenetik
• Epidemiologie
• Mathematische Ökologie

Zusammenfassend: Es gibt keine endgültige Antwort auf die Frage, aber es gibt viel zu lernen, wenn man sie erforscht.