Ich habe eine Abhandlung über Bioinformatik gelesen, in der die Arzneimittelreaktion auf die Krebszellen und die Genexpression der einzelnen Zellen untersucht werden, um nützliche Erkenntnisse zu gewinnen. Insbesondere wird anhand der Genexpression der Zellen ein Prädiktor für das Ansprechen auf Medikamente erstellt.
Sie haben erklärt, dass die bloße Verwendung der Korrelation zwischen der Genexpression und der Arzneimittelreaktion möglicherweise kein guter Prädiktor ist. Aber die Gene interagieren über Signalwege, um eine bestimmte Arzneimittelreaktion auszulösen.
Was diese Jungs getan haben, ist wie PCA auf die Genexpression der Krebszellen anzuwenden, um die Komponenten zu verwenden, die die größte Varianz bewahren.
Eigentlich habe ich nicht verstanden, was sie mit Sonden-Hintergrund-Interaktion meinen und wie sie berechnet wird.
Kann das bitte jemand erklären. Ich habe eine Weile gegoogelt, bin aber nicht fündig geworden.
Hier sind einige Zitate aus dem Papier, in denen der Begriff verwendet wird
Zu diesem Zweck haben wir verglichen, wie gut die Arzneimittelreaktion durch einfache statistische Modelle vorhergesagt werden kann, die entweder Sonden- und Hintergrundnetzwerke direkt mit der Arzneimittelreaktion in Beziehung setzen oder Wechselwirkungen zwischen Sonde und Hintergrundnetzwerk berücksichtigen.
Um diesen Ansatz zu verallgemeinern, könnte der Begriff „Sonde“ durch individuelle Transkript-Expressionsniveaus ersetzt werden, die durch andere Genexpressionsverfahren gemessen werden. In ähnlicher Weise werden "Hintergrundnetzwerke" und Hauptkomponenten austauschbar verwendet. Im Allgemeinen könnten "Hintergrundnetzwerke" durch jedes Datenreduktionsverfahren dargestellt werden, das die Expression eines Gennetzwerks zusammenfasst. Wir demonstrieren, dass Wechselwirkungen zwischen Sonde und Hintergrundnetzwerk die Vorhersagen der Arzneimittelwirkung erheblich verbessern, und zwar über die Vorhersagekraft hinaus, die durch die alleinige Verwendung einzelner Sonden und Hintergrundnetzwerke erzielt wird.
Die "Probe-durch-Hintergrund"-Wechselwirkung ist die Reaktion verschiedener Sonden als Funktion der Hintergrund-Genexpression. Je nachdem, in welchem der 6 Hintergründe sich eine Sonde befindet, kann beispielsweise die Arzneimittelreaktion steigen oder fallen. Sonden als Funktion des Hintergrunds sind wahrscheinlich einfacher vorstellbar als Hintergrund als Funktion der Sonde (was ebenso gültig ist). Für 39.115 Sonden und 6 Hintergrundnetzwerke gibt es 234.690 Interaktionen.
Technisch gesehen ist „Probe by Background“ der Interaktionsterm im linearen Modell, das die Autoren für jedes Medikament anpassen. Die Einzelheiten der Analyse sind in den ergänzenden Methoden enthalten. Das Modell, auf das sie passen, ist
Drug_Response ~ Probe + Probe * Background + Background
was übersetzt "Arzneimittelreaktion wird durch Sonde, die Interaktion von Sonde und Hintergrund und Hintergrund modelliert". Der mittlere Term (mit dem *) ist der Wechselwirkungsterm. Hier ist eine Seite , die erklärt, wie man signifikante Wechselwirkungsterme in linearen Modellen versteht.
Michael Kühn
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