Ich möchte feststellen, ob es einen horizontalen Gentransfer zwischen zwei Genomen gibt, insbesondere sollte ich die in Wikipedia beschriebenen parametrischen Methoden verwenden , da ich höchstwahrscheinlich Schwierigkeiten haben würde, die phylogenetischen Methoden vollständig zu verstehen.
Die beiden Genome, an die gedacht wird, wären Lactococcus lactis und Lactobacillus helveticus , da sie im Prozess der Käseherstellung verwendet werden und sich daher in ausreichender Nähe/Umgebung befinden würden, um für vorläufige Ereignisse von HGT zu sprechen. (Korrigieren Sie mich, wenn ich hier mit meinen Gedanken weit daneben liege ...)
Könnte ich einfach auf repräsentative Genome von NCBI zugreifen und die verschiedenen genomischen Signaturen, die auf HGT hinweisen, über die zuvor erwähnten parametrischen Methoden (Nukleotidzusammensetzung, Oligonukleotidspektrum, strukturelle Merkmale usw.) berechnen/bestimmen?
Oder müssten die Genome aus einer bestätigten Quelle gerendert und sequenziert werden, in der sie sich beide befinden/gewöhnt sind, um richtig für HGT zu argumentieren? (In diesem Fall glaube ich, dass NCBI diese Daten nicht ohne Weiteres verfügbar hat?)
Da das parametrische Modell nur auf ein einziges Genom angewendet wird, um zu sehen, ob es Hinweise auf eine kürzliche HGT über eine Änderung des durchschnittlichen Gehalts in codierenden Regionen gibt, wird es Ihnen nicht sagen, woher die HGT stammt, sondern nur, dass eine HGT wahrscheinlich in aufgetreten ist ein Bereich des Genoms. Da Sie versuchen, speziell zu sehen, ob es zwischen L. lactis und L. helveticus eine HGT gab , müssten Sie eine parametrische Analyse an beiden durchführen, einen HGT-Kandidaten auf einem der Genome finden und dann diese Sequenz als Nicht-HGT finden Kandidat auf dem anderen Genom und über BLAST .
Diese Papiere liefern ein gutes Argument dafür, warum Genomsignaturen anstelle des GC-Gehalts als parametrische Methode zum Nachweis von HGT verwendet werden sollten.