Hey ich hoffe diese Frage gehört in dieses Forum.
Ich bin nicht aus der Biologie-Community, ich bin aus der Datensicherheits-Community, daher bin ich nicht mit den Wörtern vertraut, die Sie für Antworten verwenden könnten
Ich muss einen Algorithmus verwenden, der dem De-novo- Assembly-Algorithmus sehr ähnlich ist. Ich werde versuchen, mich besser zu erklären. Ich habe einige Sequenzen von '1' und '0', die alle Teile einer großen Sequenz sind.
Ich habe einige Anwendungen gesehen, die mit diesem Algorithmus arbeiten, wie z. B. SPAdes Kaulquappe und Geneious, aber ich konnte keine davon für mich zum Laufen bringen, außer Geneious, weil es am einfachsten war.
Genial ist nicht gut für mich, weil ich etwas brauche, das ich über die Befehlszeile im Terminal verwenden kann. Welche Anwendung empfehlen Sie mir zu verwenden, damit ich die Sequenzen eingebe und die Ausgabe die große Sequenz ist.
Übrigens, im Geneious habe ich eine FASTA-Datei für meine Sequenz verwendet, in der meine '0' und '1' in 'C' und 'D' übersetzt wurden.
Vielen Dank, warten Sie auf Ihre Antworten :))
Sie können Velvet ausprobieren , aber Sie werden wahrscheinlich mit Tausenden von Contigs enden, es sei denn, Ihr erwartetes Referenzgenom ist ziemlich einfach. Diese Frage betrifft viele der Schwierigkeiten bei der De-novo -Montage. Ich bin mir auch nicht sicher, was du damit meinst:
Übrigens, im Geneious habe ich eine FASTA-Datei für meine Sequenz verwendet, in der meine '0' und '1' in 'C' und 'D' übersetzt wurden.
Versuchen Sie, dies für einen anderen Zweck als den eigentlichen Genomaufbau zu verwenden? Sie sagen, Sie kommen aus dem Bereich Datensicherheit, also ist unklar, was Ihr Endziel ist. Wenn Sie nur eine binäre Sequenz haben, haben Sie besser eine wirklich lange Leselänge und hoffen, dass es nicht zu viele Wiederholungen gibt, oder Sie haben wirklich Probleme, eine Konsenssequenz zu finden.
Benutzer31589