Viele Artikel, die ich gelesen habe, erwähnten "RNA-seq-Daten". Bei der Suche nach der Bedeutung dieses Wortes konnte ich keine Laiendefinition finden.
Soweit ich weiß, sind RNA-Seq-Daten die vollständigen RNA-Informationen in einer Zelle (oder allen Zellen) einer Art, die zu einem bestimmten Zeitpunkt extrahiert werden.
Liege ich mit dieser Definition richtig? Wenn ja, bedeutet dies, dass man durch das Extrahieren aller RNA-Informationen alle RNA-Sequenzen in dieser Art kennt (wie AUGGUCAUCAG ....)? Oder heißt das, ich habe die RNA, aber nicht die Sequenz?
RNA-seq-Daten liefern normalerweise eine Momentaufnahme des Transkriptoms dessen, was sequenziert wird. Die Einzelzellsequenzierung ist möglich, aber seltener als RNA-seq auf einer Probe (die viele Zellen enthält).
Sie haben Recht, dass RNA-seq einem Kenntnisse über RNA-Sequenzen wie AUGGUCAUCAG und so weiter vermittelt. Man wird jedoch nicht notwendigerweise Informationen über alle möglichen RNA-Sequenzen einer bestimmten Spezies haben. Die Durchführung von RNA-seq an demselben Zelltyp einer Spezies zu zwei verschiedenen Zeitpunkten oder an zwei verschiedenen Zelltypen zum selben Zeitpunkt kann zu unterschiedlichen Profilen für die zurückerhaltenen RNA-Sequenzen führen. Es hängt davon ab, welche Teile des Genoms von den Zellen in einer Probe zum Zeitpunkt der RNA-Extraktion exprimiert werden.
Die Daten, die man von der RNA-Sequenzierung erhält, hängen von der verwendeten Technologie und dem verwendeten Unternehmen ab. Typischerweise beinhaltet RNA-seq die Verwendung eines reversen Transkriptionsschritts, sodass die zurückerhaltenen Sequenzdaten tatsächlich als cDNA-Version Ihrer ursprünglichen mRNA-Transkripte gemeldet werden. Normalerweise erhält man eine (sehr große) Datei mit Sequenzierungs-Reads. Diese kann man dann entweder direkt zu einer Momentaufnahme des Transkriptoms „zusammenbauen“ oder sie einem bekannten Referenzgenom zuordnen. Einer der Hauptvorteile von RNA-seq besteht darin, dass wir nicht nur lernen, was die Sequenzen der RNA-Moleküle sind, sondern auch ihre relative Häufigkeit in der Probe. Das Wissen darüber kann besonders nützlich sein, um eine Vielzahl biologischer Hypothesen zu testen oder zu entwickeln.
Die RNA-Sequenzierung erfolgt, wenn Sie eine RNA-Extraktion durchführen und diese dann sequenzieren, was normalerweise deren Fragmentierung beinhaltet.
Sie kennen tatsächlich alle Sequenzen für alle RNA-Moleküle, die sequenziert werden. Ich kann keine Interpretation sehen, die nicht dazu führt, dass Sie die Sequenzen der Moleküle haben, was als "Sequenzierung" und so bezeichnet wird.
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