DNA-Sequenz aus der Mitte eines Gens

Jemand gibt Ihnen eine kurze DNA-Sequenz, die aus der Mitte eines Gens stammt.

5'- TCTAACTGATTAGC -3'
3'- AGATTGACTAATCG -5'

Bestimmen Sie anhand dieser Sequenz Folgendes:

  1. Befindet sich der Promotor links oder rechts, wenn die Sequenz geschrieben wird?

  2. Ist der Sinnesstrang der obere oder der untere Strang?

  3. Welche Aminosäuren werden von diesem Genfragment kodiert?

Das einzige, was mir eingefallen ist, ist, dass ich, da dies aus der Mitte einer DNA-Sequenz stammt, einen Rahmen ohne Stoppcodons auswählen muss.

Die beiden von Ihnen bereitgestellten Segmente ergänzen sich nicht. Ist das ein Tippfehler oder Teil der eigentlichen Frage?
Ich habe die Sequenz bearbeitet, um die 5'- und 3'-Enden des unteren Strangs zu reparieren, die jetzt so sind, wie in der Originalversion der Frage gezeigt.
Gen bedeutet nicht unbedingt Proteinkodierung

Antworten (2)

TCT AAC TGA TTA GC

T CTA ACT GAT TAG C

TC TAA CTG ATT AGC

AGA TTG ACT AAT CG <<< das ist der ORF

Ein GAT TGA CTA ATC G

AG ATT GAC TAA TCG

Wenn die Sequenz aus der Mitte eines Gens stammt, nehmen wir an, dass sie einen offenen Leserahmen kodieren sollte. Für diese Sequenz enthalten nur 1/6 Frames kein Stoppcodon (oben kursiv dargestellt). Im Standardformat können wir also mit dem Promotor links die ds-Sequenz schreiben als:

5'-AGATTGACTAATCG

3'-TCTAACTGATTAGC

Da dies Hausaufgaben sind, überlasse ich den Rest Ihnen.

Da der ORF keine Stoppcodons hat, bedeutet das, dass es sich um den Matrizenstrang handelt?
Der offene Leserahmen ist der DNA-Strang mit der gleichen Sequenz wie die mRNA (mit T > U). Die RNA-Polymerase stellt diese RNA unter Verwendung des anderen DNA-Strangs her, der der Matrizenstrang ist. Wenn die dsDNA-Sequenz auf herkömmliche Weise mit dem Promotor nach links geschrieben wird, dann ist der obere Strang der codierende Strang und der untere Strang (der von 3' > 5' verläuft) der Matrizenstrang.
Wollen wir nicht, dass der Matrizenstrang keine Stoppcodons hat? Denn wenn wir den Matrizenstrang lesen, der die mRNA herstellt, wollen wir nicht auf ein Stoppcodon stoßen.
Wenn wir zum Beispiel 3'TCTAACTGATTAGC als Matrizenstrang verwenden, wenn die Polymerase TGA erreicht, würde sie aufhören, richtig?
Oder stoppen Codons nur die mRNA, die Proteine ​​herstellt. Es stoppt nicht die DNA-Replikation?
@itsSLO Ich möchte dir ein paar Dinge sagen. 1. Stoppcodons stoppen nicht die Transkription von mRNA, sie stoppen nur die Translation von mRNA. 2. Hier nehmen wir die Sequenz ohne Stoppcodons, nur weil die Frage besagt, dass die genommene Sequenz aus der Mitte eines Gens stammt. Wenn wir also eine Sequenz mit einem Stoppcodon nehmen, wird die mRNA aus dem Rest des Teils des Gens nicht translatiert.

Allein anhand der Sequenz können Sie keine dieser Fragen beantworten, denn:

  • allein aus der Sequenz wissen Sie nichts über das Gen oder den Promotor.
  • Gleiches gilt für die Orientierung
  • und die Codons, da Sie nicht wissen, ob der Code im Rahmen ist oder nicht. Wenn eine Base von der ursprünglichen Sequenz abgeschnitten wird, verschieben sich Ihre Codons und zeigen nicht den ursprünglichen Code. Die Sequenz hat 14 Nukleotide, die sich nicht in eine kurze Aminosäuresequenz auflösen lassen.

Sie können das Gen wahrscheinlich mit BLAST identifizieren und dann sehen, wo sich die Sequenz befindet, und die Fragen beantworten. Ich habe versucht, die Sequenz zu sprengen, aber sie ist zu kurz, um eine endgültige Antwort zu geben.

Das erste, was Sie tun müssen, ist die Sequenz zu identifizieren (Gen und den Organismus, von dem es stammt), dann können Sie den Rest der Arbeit erledigen.

Ja, das war alles, was für das Problem gegeben wurde. Sonst nichts. Ich dachte, Sie können den Rahmen bestimmen, indem Sie einen ohne Stoppcodons auswählen.
Das ist richtig. Alan hat gezeigt, was möglich ist, aber der Rest ist problematisch.
DNA-Sequenz aus der Mitte eines Gens
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