Mit anderen Worten, wenn zwei Reste Sequenznummern haben, sagen wir 20 und 21, sind sie dann im Grundgerüst nebeneinander? Wenn nein (oder nicht unbedingt), gibt es dann eine Möglichkeit, aufeinanderfolgende Reste aus einer PDB-Datei zu finden?
Die Nummerierungskonvention der Reste in der PDB ist mehr oder weniger vollständig Sache des Hinterlegers der Struktur. Während im Allgemeinen fortlaufende Nummern nebeneinander stehen, gibt es keine Garantie dafür.
Beispielsweise ermöglicht die PDB sogenannte "Einfügungscodes", bei denen es sich um zusätzliche Reste handelt, die den regulären Sequenzverlauf unterbrechen. Beispielsweise ist im PDB-Eintrag 1IGY zwischen den Resten 52 und 53 auf Kette B der Rest "52A". Normalerweise werden diese Einfügungscodes verwendet, weil die Hinterleger möchten, dass das Nummerierungsschema einem externen Nummerierungsstandard entspricht, und es zusätzliche Reste gibt (z. B. aus der Affinitätsreifung), die diese Nummerierung stören würden.
Alternativ könnte sich der Hinterleger dafür entscheiden, die Nummerierung erheblich zu verwechseln. Ein Beispiel dafür ist der PDB-Eintrag 4OO9 , der die Transmembrandomäne von menschlichem mGlu5 mit einer Lysozym-Insertion zur Unterstützung der Kristallisation ist. Das mGlu5 ist von Kette A von 568 bis 832 nummeriert, aber zwischen den Resten 678 und 680 befinden sich die Reste 1002 bis 1162, die das eingefügte Lysozym darstellen. (Also geht es 677, 678, 1002, ...)
Letztendlich ist der einzige zuverlässige Weg, um festzustellen, ob zwei Reste in der PDB, die in der Nummerierung aufeinanderfolgend sind, tatsächlich polymerisch aufeinanderfolgend sind, tatsächlich die Koordinaten zu betrachten und zu sehen, ob sie in einer Bindungskonfiguration sind. In den Kopfzeilen können einige Informationen über die Restnummerierung "außerhalb der Reihenfolge" enthalten sein, aber das ist nicht immer klar. In der Regel müssen Sie sich mit solchen Situationen im Einzelfall auseinandersetzen.
jonadanke