Regulatorische Elemente finden: Wie haben die Leute das gemacht?

Zunächst frage ich NICHT danach, wie man regulatorische Elemente mithilfe einer Datenbank sucht und abgleicht. Ich frage mich, wie die Leute gefunden haben, wonach sie in einem Genom suchen und übereinstimmen müssen, wie sie diese Datenbanken aufgebaut haben. Meine Frage ist,

Wie haben die Menschen überhaupt regulatorische Proteine/Nukleotidelemente identifiziert?

Haben sie zuerst die Proteine ​​gefunden, die wir heute Transkriptionsfaktoren und Sigmafaktoren nennen, oder haben sie das Genom manipuliert, um die regulatorischen Teile zu finden, und sie dann zu den Proteinen zurückverfolgt?

Gibt es ein empfehlenswertes Buch zur Geschichte der Forschung zur Genregulation?

Außerdem habe ich versucht zu googeln. Jede Seite empfahl die eine oder andere Datenbank. Ich wäre Ihnen auch dankbar, wenn Sie mir sagen könnten, wonach ich hätte suchen sollen?

Ich interessiere mich mehr für Prokaryoten, aber Antworten zu Eukaryoten wären auch willkommen.

Kontext: Ich bin ein Studienanfänger in der Forschung (ja, die Erfahrung ist irgendwie verrückt für mich) und ich interessiere mich dafür, regulatorische Elemente in Mycobacterium smegmatis und seinen Phagen zu finden.

wo hast du bisher geschaut? Lehrbücher? Primärliteratur? kannst du ein paar einzelheiten nennen?
Dies sollte bis zu einem gewissen Grad in fast jedem Lehrbuch der Molekularbiologie behandelt werden. Ein hervorragendes Buch ist „A Genetic Switch“ von Mark Ptashne. Es geht um die Regulierung im Lambda-Phagen, einem Virus, aber viele der Prinzipien lassen sich auch auf Prokaryoten übertragen. Es enthält ein ganzes Kapitel, das einer detaillierten Analyse der Experimente gewidmet ist, die zur Identifizierung der Transkriptionsfaktoren und Promotoren verwendet wurden.
Dies ist eines der Dinge, die ich mir angesehen habe: ibiology.org/ibioeducation/exploring-biology/molecular-biology/… Aber viele Dinge, die ich gelesen habe, betrafen die Methoden und Entdeckungen, ohne wirklich genau zu sagen, was die Leute dachten, als sie es taten habe diese Dinger ausprobiert.
@CharlesE.Grant Verstanden. Ich werde es mir ansehen.
@CharlesE.Grant Meine Schulbibliothek hat die Ausgabe von 1986, während ich die Ausgabe von 2004 kaufen muss. Ist das Kapitel, von dem Sie sprachen, in der älteren Ausgabe?
@CedarRen. Um Himmels willen, geh einfach runter in deine Bibliothek und sieh sie dir an. Ich habe Ihnen gerne eine Empfehlung gegeben, aber jetzt bitten Sie Fremde im Internet, Ihre Arbeit für Sie zu erledigen.
Wenn Ihr Endziel darin besteht, zu verstehen, wie Sie Ihr Projekt durchführen, können Sie sich darauf konzentrieren, wie solche Studien in der heutigen Zeit durchgeführt werden. Die wissenschaftliche Forschung in früheren Zeiten war durch die damals verfügbare Technologie begrenzt.
Hier ist, was eine Gruppe für relevant hält: biostars.org/p/10596/#10749 , neben @WYSIWYG... hat er vielleicht zem-Studien abgeschlossen und möchte vielleicht zur Technologie rund um zem beitragen: Discussion.area51.stackexchange.com /Benutzer
@CharlesE.Grant, dank dir habe ich kürzlich ein Exemplar bestellt. Es ist ein kurzes Buch und bisher sehr interessant. Beifall.

Antworten (1)

Wie aus (mehr oder weniger neueren) Entdeckungen ersichtlich ist, wurden die meisten Regulatoren durch speziell entworfene Experimente entdeckt, um einen bestimmten Faktor aufzuweisen. Einige Beispiele umfassen:

  • Die Entdeckung von Sp1 , dem ersten entdeckten Transkriptionsfaktor von Eukaryoten (wie in dem in den Kommentaren verlinkten Video beschrieben)
  • Die Entdeckung des Lac -Operons in E. coli .

Keines davon war als Screening für regulatorische Sequenzen im Allgemeinen gedacht. Wenn Sie nach regulatorischen Sequenzen eines bestimmten Gens suchen, kann Ihnen die Reportergen- Technik , kombiniert zum Beispiel mit einem zufälligen Mutagenese-Screening, eine Kartierung regulatorischer Elemente liefern.

Der folgende Artikel könnte für die Durchführung eines auf UV-Mutagenese basierenden Screens von Interesse sein: UV-Mutagenese in Escherichia coli K-12: Zellüberleben und Mutationshäufigkeit der chromosomalen Gene lacZ, rpoB, ompF und ampA .

Wenn Ihre Frage allgemeiner ist: "alle regulatorischen Sequenzen, die mit einem Gen assoziiert sind", dann ist diese Frage im Allgemeinen unbeantwortet und kann wahrscheinlich besser zuerst mit bioinformatischer Analyse (wie Promotorvorhersage usw.) angegangen werden.

All diese Geschichte hat einige nicht davon abgehalten, es zu versuchen, oder? bit.ly/2lN7uKp
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