Software zum Zählen von Fliegeneiern

Gibt es eine Software, mit der die von Drosophila auf ein Substrat gelegten Eier schnell (schneller als Menschen) gezählt werden können , indem sie unter ein Mikroskop mit angeschlossener Kamera gelegt werden? Die Eier werden auf die Oberfläche des Futters gelegt und haben eine ziemlich einheitliche Form – wir müssen regelmäßig die Anzahl der Eier in >200 Fläschchen zählen, was über 4-5 Stunden pro 100 Fläschchen dauern kann.

Ich frage mich, ob es eine Software gibt, die mit einem Mikroskop mit montierter Kamera verbunden werden könnte, die mit einem Computer verbunden ist, die Software könnte dann aus dem Live-Feed oder einem schnell aufgenommenen Foto zählen. Es müsste nicht perfekt sein, aber solange es so genau wie Menschen sein könnte (was unserer Erfahrung nach überraschend niedrig ist - wir zählen bis zu einer bestimmten Menge und entfernen dann den Rest, z. B. wenn ich darauf abzielte, 180 Eier zu hinterlassen, I würde mich freuen, irgendwo zwischen 150-200 Eier zu bekommen). Es würde ein Stereomikroskop (auch bekannt als Seziermikroskop) mit einer montierten Kamera verwendet.

Die Oberfläche des Lebensmittels mit Eiern sieht ungefähr so ​​​​aus -> Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein rein zur Veranschaulichung, aufgenommen mit dem iPhone - echte Bilder auf dem Mikroskop könnten näher heranrücken (Lebensmitteloberfläche könnte den Bildschirm füllen) und eine gleichmäßigere Beleuchtung haben, um einen besseren Kontrast zu erzielen (dies war genommen, um in einem Vortrag zu zeigen, also wollte ich eher hübsch als praktisch). Die unteren zwei Viertel des Essens in diesem Bild wären dem tatsächlichen Ergebnis ähnlich, nur viel näher ...

Matlab ermöglicht eine solche Bildanalyse. Überprüfen Sie die Bildanalyse-Toolbox von Matlab.
@WYSIWYG Ich werde es mir ansehen, weißt du, ob es das live machen könnte? (dh stellen Sie das Fläschchen unter das Zielfernrohr, fokussieren Sie es, klicken Sie auf eine Schaltfläche und erhalten Sie eine Zählung, dann entferne ich einige Eier und stelle es für eine Nachzählung wieder darunter?)
Ich bin sicher, dass es für eine direkte Datenerfassung und Zählung konfiguriert werden kann. Ich erinnere mich, dass mir jemand erzählte, wie man fluoreszierende Punkte in Zellen unter einem konfokalen Mikroskop mit Matlab zählt. Das übersteigt jedoch meine vorhandenen Fähigkeiten und Sie können mit jedem Instrumentierungsingenieur an Ihrer Universität sprechen
Eine andere Software namens LabView von National Instruments kann diese Aufgabe ebenfalls übernehmen. Es ist nicht so schwierig zu bedienen.
Hier ist ein weiteres Bildanalysepaket, das möglicherweise das tut, was Sie wollen, fiji.sc/Fiji

Antworten (1)

ImageJ ist eine plattformübergreifende Software mit einem Zellzählermodul, das von Nutzen sein könnte, und hey, es ist kostenlos! Es ist einfach zu bedienen und so lächerlich grob, dass es sehr vielseitig ist. Ich erinnere mich, dass ich es im Grundstudium verwendet habe, um Zellen nach ein paar Bildkontraständerungen automatisch unter dem Mikroskop zu zählen. Ich verstehe nicht, warum dies nicht erneut angewendet werden konnte, um Eier zu zählen.

Herunterladen: http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html

Cell Counter-Dokumentation: http://imagej.nih.gov/ij/plugins/cell-counter.html

ausgezeichnet, ich werde versuchen, Zeit zu finden, es im neuen Jahr auszuprobieren, und Sie wissen lassen, wie ich vorankomme!
Mathematica, wenn Ihre Institution es als kostenlose Massenlizenzoption anbietet, ist auch ein anständiger Konkurrent von ImageJ für die Bildanalyse, vorausgesetzt, Sie kennen keines der beiden Programme. Ein Bonus ist, dass Sie zu Mathematica SE wechseln können, wenn Sie auf Probleme stoßen. Ich habe es für die Zählung und Bildgebung in der Fluoreszenzmikroskopie verwendet, wie in mathematica.stackexchange.com/questions/29844/…