Die quantitative Analyse von Mikroskopbildern ist für viele Arten von Studien unerlässlich, aber die am häufigsten verwendeten Techniken sind sehr arbeitsintensiv. Ich konnte einige Literatur über die Verwendung von Computern zur Durchführung der Analyse finden, habe aber kein gutes Bild vom Stand der Technik.
Gibt es eine gute Literaturübersicht zum Thema?
Gibt es in der Praxis viel Nutzen, den ich noch nicht gesehen habe?
Das gesuchte Wort ist „Bildsegmentierung“. Aber auch hier kommt es sehr darauf an, was man betrachtet. Die Segmentierung und Quantifizierung einfacher Fluoreszenzbilder ist relativ einfach und weit verbreitet. Es kann sehr komplex werden, je nachdem, wie komplex die Struktur ist, die Sie betrachten. Es gibt maschinelle Lernansätze, die in der Lage sind, komplizierte Strukturen voneinander zu unterscheiden, etwa unterschiedliche Mitosezustände.
Die Segmentierung von mit Hämatoxylin-Eosin (HE) gefärbten Proben ist Gegenstand intensiver bioinformatischer Forschung. Ein Ziel ist es, Pathologen bei der Einstufung von Gewebeläsionen zu unterstützen, beispielsweise bei Prostatakrebs, aber dies wird meines Wissens noch nicht klinisch verwendet. Ganze Objektträger-Scans histologischer Proben werden zunehmend klinisch verwendet. Diese Bilder sind sehr groß (1 GB pro Probe), so dass ein Forschungsschwerpunkt auch darin besteht, eine groß angelegte Analyse dieser Scans ganzer Objektträger bereitzustellen.
Werfen Sie auch einen Blick auf CellProfiler ( http://www.cellprofiler.org ), diese kostenlose Open-Source-Software hat mein Promotionsprojekt gerettet.
Literatur die ich gefunden habe:
Tabesh, A., M. Teverovskiy, et al. (2007). "Multifunktionale Prostatakrebsdiagnose und Gleason-Einstufung histologischer Bilder." IEEE Trans Med Imaging 26(10): 1366-1378.
Petushi, S., FU Garcia, et al. (2006). "Groß angelegte Berechnungen auf Histologiebildern zeigen gradunterscheidende Parameter für Brustkrebs." BMC Med Imaging 6: 14. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1634843/
Ich kann Ihnen jedoch keine aktuelle Bewertung geben ...
Nature Methods scheint einige Methoden zu veröffentlichen, die diese Art der Analyse erleichtern. ZB http://www.nature.com/nmeth/journal/v8/n3/full/nmeth.1558.html
Und ein Leitartikel von ihnen: http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n7/full/nmeth.2102.html Als Teil einer Sonderausgabe über BioImage Informatics mit einigen netten Beispielen. http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n7/index.html