Wo finde ich ein Online-Toolkit, das funktionelle Ähnlichkeitswerte (in Form einer Matrix) zwischen zwei funktionellen Gensätzen im Kontext der Genontologie liefert?
Ich habe folgendes versucht:
Batch-Tool für GSFS: PROBLEM: Es besagt, dass meine eingegebenen Hefegene keine menschlichen Gene sind (was wahrscheinlich bedeutet, dass das Tool nur mit menschlichen Genen funktioniert).
http://bioinformatics.clemson.edu/G-SESAME/Program/geneCompareTwo1.php : PROBLEM: liefert Punktzahl für jede Genpaareingabe. Ich habe ungefähr 3600 Gene. Unmöglich, es für jedes Paar zu tun.
Der DAVID-Batch-Viewer gibt eine 1xN-Matrix (funktionelle Ähnlichkeitsbewertung eines Gens mit einer Reihe von N-Genen, wenn ich alle möglichen Ähnlichkeitspaare haben möchte, die eine NxN-Matrix ergeben)
GO funsimmat- Ich bin nicht in der Lage, dies zum Laufen zu bringen, daher bin ich mir nicht sicher, ob es mir die gewünschten Ergebnisse liefern wird.
GO FastSemSim – dasselbe wie 4.
Ich denke, Sie könnten einen ähnlichen Ansatz wie GSFS ausprobieren:
Verwenden Sie die Transduktion in Proteinen (wenn Sie den Sterncode nicht kennen, müssen Sie 3 Zeichenfolgen für jedes Gen verwenden)
Verwenden Sie ein einfaches Tool (ein eigenständiges Tool wie UNIPROT-Tools), um den proteischen Domänentyp (Chain Alpha, ..) zu identifizieren.
Unterteilen Sie die Gene nach Proteindomänentyp (pdt): der enthält, welche pdt und die pdt-Ordnungshäufigkeiten
Jetzt könnten Sie DAVID oder ähnliches verwenden (versuchen Sie es mit wconsensus: es ist alt, einfach, aber sehr benutzerdefiniert), um ähnliche Sequenzen zu vergleichen und Ihre Ergebnisse zu erhalten.