Warum gibt es in Proteinresten ein Kohlenstoffatom ohne griechischen Buchstaben?

Bei Eiweißrückständen kenne ich das C a bezeichnet das erste Kohlenstoffatom, das an eine funktionelle Gruppe gebunden ist. Jedem nachfolgenden Kohlenstoff wird ein entsprechender griechischer Buchstabe gegeben ( β , γ , δ ) bis auf einen. Zum Beispiel hat jeder Rest in einer PDB-Datei eine Liste von Atomen, die etwa so aussieht:

  • ATOM 32 N AARG
  • Atom 33 CA AARG
  • ATOM 34 C AARG
  • ATOM 35 O AARG
  • ATOM 36 CB AARG
  • Atom 37 CG AARG
  • ATOM 38 CD-AARG

(A,B,G,D stehen stellvertretend für die griechischen Buchstaben). Warum gibt es in dieser Liste nur ein einfaches C? Was ist an diesem Kohlenstoff signifikant?

Antworten (1)

In Ihrem Kontext ist das mit "einfachem C" gekennzeichnete Kohlenstoffatom das Kohlenstoffatom im Carbonyl ( C = Ö ) Gruppe. In der organischen Chemie ist der Alpha-Kohlenstoff der Kohlenstoff, der unmittelbar an eine funktionelle Gruppe angrenzt. Allgemein bezeichnen die griechischen Buchstaben in alphabetischer Reihenfolge den Abstand in aufsteigender Reihenfolge von einer funktionellen Gruppe. Der C X a im Fall von Aminosäuren ist Alpha-Kohlenstoff in Bezug auf sowohl das Amin als auch das Carbonyl.

Die Bearbeitung scheint Ihre Antwort verdorben zu haben. Ich stelle mir vor, Sie können es leicht bearbeiten, um es an die neue Frage anzupassen, in der das Phantom C 'nicht erwähnt wird.
@David Fertig....
Warum gibt es in Proteinresten ein Kohlenstoffatom ohne griechischen Buchstaben?
AntwortenHierDatenschutz-Bestimmungen1y, 0v