Ich habe gesehen, dass Aminosäuren üblicherweise durch VAL, MET oder ALA ersetzt werden, um die Auswirkungen dieser spezifischen Substitutionen zu untersuchen. Warum werden gerade diese speziellen Aminosäuren verwendet, was sind die erwarteten Ergebnisse dieser Substitutionen, könnten Substitutionen anderer Aminosäuren die gleichen Ergebnisse erzielen und was ist der Ursprung dieser Technik?
Das Ersetzen einer einzelnen Aminosäure und das Überprüfen der Auswirkung, die dies auf ein Protein hat, ist eine Methode, um zu bestimmen, was diese spezifische Aminosäure im Protein bewirkt. Beispielsweise würde das Ersetzen einer Aminosäure, die Teil des katalytischen Kerns ist, das Protein fast immer funktionsunfähig machen.
Alanin-Scanning ist eine Technik, bei der Aminosäuren in einem Protein methodisch durch Alanin ersetzt werden. Alanin ist wahrscheinlich die neutralste Substitution, Sie entfernen im Wesentlichen die Aminosäureseitenkette. Glycin zum Beispiel wäre problematisch, weil es flexibler ist und Sekundärstrukturen annehmen kann, die andere Aminosäuren nicht können.
Wenn Sie herausfinden möchten, was eine bestimmte Aminosäure tut, möchten Sie keine anderen neuen Effekte einführen, wenn Sie sie mutieren. Je nachdem, was man genau betrachtet, ist der Ersatz durch andere Aminosäuren durchaus möglich. Einige Änderungen an Alanin könnten zu drastisch sein und Sie möchten vielleicht eine Aminosäure ersetzen, die der ursprünglichen ähnlicher ist. Dies hängt alles davon ab, was genau Sie betrachten.
MattDMo