Warum wurde Achromobacter xerosis aus der NCBI-Taxonomie entfernt?

Der Global Catalogue of Microorganisms listet ein Bakterium namens Achromobacter xerosis auf , das in mehreren Veröffentlichungen und Patenten erwähnt wird. Es existierte einmal in der Taxonomie-Datenbank des NCBI mit der ID 216898. Es ist jedoch nicht mehr dort – der Aufruf von https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=216898 ergibt nur Ergebnisse eine Seite "Kein Ergebnis gefunden".

Warum wurde diese Art aus der Taxonomie des NCBI entfernt? Ich habe es nicht geschafft, eine Dokumentation darüber zu finden, warum das NCBI eine Art aus seiner Datenbank löscht, und ich sehe auch keinen offensichtlichen Grund dafür.

Antworten (2)

Was auch immer es wert ist, ich habe den NCBI-Support dazu befragt und eine Antwort erhalten:

An: info@ncbi.nlm.nih.gov
Betreff: Grund für die Streichung einer Art aus der Taxonomie?

Hallo,

Mir ist aufgefallen, dass die Art Achromobacter xerosis früher in der NCBI-Taxonomie unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=216898 aufgeführt war , aber nicht mehr. Ich konnte keine Dokumentation finden, die darauf hinweist, warum eine Art jemals aus der Taxonomie entfernt werden sollte. Gibt es eine solche Dokumentation, die ich übersehen habe, und können Sie erklären, warum insbesondere diese Art entfernt wurde?

Vielen Dank im Voraus für Ihre Zeit,
Markus

Antwort:

Sehr geehrter Mark Amery,
die NCBI-Taxonomie-Datenbankeinträge existieren, um Daten zu unterstützen, die sich in anderen NCBI-Datenbanken befinden. Eine Überprüfung der Taxonomie-Datenbank muss ergeben haben, dass wir keine Aufzeichnungen haben, für die Achromobacter xerosis als Organismusname bestimmt ist.

Grüße,
Bonnie L. Maidak, Ph.D.
NCBI-Helpdesk
DHHS/NIH/NLM/NCBI

Achromobacter xerosis wurde 1954 von Groupé et al. vorgeschlagen. Derzeit umfasst die Gattung Achromobacter (wiederbelebt von Yabuuchi & Yano, 1981 ) 21 Arten , aber A. xerosis gehört nicht dazu. Es scheint, dass A. xerosis nie gültig publiziert wurde.

Sie haben Ihre eigene Website als Quelle für die Behauptung verlinkt, dass Achromobacter aus 21 Arten besteht, aber ich habe keine Ahnung, wo ich diese Informationen finden soll. Ich sehe nur einen Download-Link für eine passwortgeschützte PDF-Datei, die ich nicht lesen kann, da ich das Passwort nicht habe.
Es ist mir auch unklar, ob das Fehlen einer gültigen Veröffentlichung ein Grund für den Ausschluss einer Art aus der NCBI-Taxonomie ist. Wie ich support.ncbi.nlm.nih.gov/link/portal/28045/28049/Article/1474/… interpretiere , scheint es darauf hinzudeuten, dass gültige Namen bevorzugt werden, aber dass Arten ohne gültige Namen dennoch in die Taxonomie aufgenommen werden können. Beachten Sie als weiteren Beweis dafür, dass ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi Hunderte von Arten auflistet , nicht nur 21! Ich glaube also nicht, dass dies die ganze Geschichte ist.
@MarkAmery: Wenn du mit der Maus über das Bild fährst, siehst du diesen Text: "Download PDF | Password 1". Alternativ besuchen Sie die DSMZ: dsmz.de
@MarkAmery: Es ist unmöglich, dass eine gültig veröffentlichte Bakterienart für einen Zeitraum von 64 Jahren absichtlich oder versehentlich nicht in die Liste der anerkannten Bakterienarten aufgenommen wird. Beachten Sie, dass ein Vorschlag für den Namen A. xerosis nicht unbedingt eine gültige Veröffentlichung der neuen Bakterienart ist. Durchsuchen Sie IJSEM nach Validierungslisten: Wenn Sie A. xerosis finden, wurde es gültig veröffentlicht; Wenn Sie es nicht finden, wurde es nicht gültig veröffentlicht: ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem
@MarkAmery: NCBI ist keine Autorität auf dem Gebiet der bakteriellen Taxonomie und Nomenklatur.
Ich bin mir nicht sicher, ob Sie meinen Punkt übersehen oder ob ich Ihren übersehe. Meine ist dies: Das NCBI scheint sich nicht darauf zu beschränken, nur gültig veröffentlichte Arten in seine Taxonomie aufzunehmen, daher ist es meines Wissens irrelevant, ob A. xerosis gültig veröffentlicht wurde für die Frage, warum es aus der NCBI-Taxonomie entfernt wurde . Ich verstehe nicht, wie Ihre letzten beiden Kommentare darauf eingehen.
@MarkAmery: Jede Bakterienart umfasst einen oder mehrere Stämme, von denen einer als Typstamm der Art bezeichnet wird. Der Typusstamm muss in mindestens drei anerkannten Bakterienkultursammlungen vorhanden sein. Wenn es nirgendwo verfügbar ist, und das kann passieren, ist die Art im absoluten Sinne nicht existent: und das, was nicht existiert, kann nicht validiert oder entwertet werden; dies könnte bei A. xerosis der Fall sein.
Warum wurde Achromobacter xerosis aus der NCBI-Taxonomie entfernt?
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